В 1877 году, довольный тем, что компания окончательно встала на ноги, дон Факундо решил отойти от дел и оставить производство рома в руках сыновей. Младший, двадцатилетний Хосе, занимался продажами. Факундо-младший, проработавший бок о бок с отцом много лет, заведовал производством и стал первым «мастером купажа» в компании. Однако президентом дон Факундо назвал тридцатитрехлетнего Эмилио. Быть старшим сыном на Кубе много значило. За год до этого Эмилио женился на Марии Лай Берлюшо — она была
Примерно тогда же, когда Эмилио стал президентом компании, Мария родила сына, которого в честь отца назвали Эмилио, но всю жизнь называли Эмилито.
Теперь, когда Эмилио должен был исполнять столько обязанностей — и семейных, и деловых, — он очень изменился. Это был уже не двадцатилетний непоседа, пытавшийся учинить мятеж на площади, а уважаемый деловой человек в костюме, галстуке и белой соломенной шляпе. Однако от сотрудничества с движением за независимость он не отказался. Высокое положение в семейной компании после ухода дона Факундо стало лишь более удачным прикрытием для подпольной деятельности. Эмилио много ездил по делам на местные сахарные плантации — и заодно контактировал там с представителями повстанцев. Ему приходилось бывать и в окрестностях Сантьяго, и даже за рубежом, и там он регулярно встречался со сторонниками и покровителями мятежников.
Когда Эмилио встал у руля семейной компании, фамилия Бакарди имела в Сантьяго двойное значение. «Bacardi & Compa~n'ia» была процветающим коммерческим предприятием с международными связями. Ром «Бакарди» стоял выше политики, его одинаково любили и
Эмилио принял бразды правления отцовской компанией в последние месяцы кубинской войны за независимость. Карлос Мануэль де Сеспедес был убит в 1874 году, когда испанские войска захватили его на ферме, где он прятался. Антонио Масео, блестящий юный генерал-мулат, в практически ежедневных боях с превосходящими силами испанцев демонстрировал поразительное тактическое мастерство и отвагу, однако консерваторы снова заговорили о том, что он-де натравливает чернокожее население Кубы на белых и собирается учредить «негритянскую республику», и это существенно подорвало его авторитет.
В феврале 1878 года, когда война длилась уже почти десять лет, «комиссионеры» революционной Кубинской Республики встретились с главнокомандующим испанской армией в деревне Занхон и договорились о прекращении военных действий. По Занхонскому договору Куба приобретала ту же степень политической автономии, что и Пуэрто-Рико на тот момент, а те рабы, которые были в рядах повстанцев, получали свободу. Однако главные цели революции — ни независимость, ни запрет рабовладения, — достигнуты не были, и на встрече в Барагуа Антонио Масео заявил испанскому главнокомандующему, что не согласен с договором. Несколько месяцев спустя он все же был вынужден принять условия перемирия, однако «протест в Барагуа» стал напоследок эффектным героическим жестом.
«Десятилетняя война» унесла жизни примерно пятидесяти тысяч кубинцев и почти двухсот тысяч испанцев — и помогла выковать кубинский национальный характер, не признававший разовых ограничений, и сформировать тот идеал, за который кубинский народ был готов бороться. Хосе Марти описал войну такими знаменитыми словами: «это было чудесное, неожиданное возникновение народа, который еще совсем недавно не мог поднять головы, а теперь превратил героические подвиги в повседневную работу, голод – в роскошный пир, а необычайное — в обычное».
Теоретически Занхонский договор оставлял пространство для демократического местного правительства и свободных выборов. На Кубе была создана «Либеральная партия», известная также как «Партия автономии», которая была призвана конкурировать с консервативными силами острова, оставшимися на стороне испанцев. По ее политической программе Куба должна была остаться испанской колонией, однако обрести политическую автономию. Одним из ее основателей в Сантьяго был Эмилио Бакарди, который полагал, что нужно непременно реализовать весь политический потенциал Занхонского договора, невзирая на то, что он отвечал далеко не всем требованиям революционеров.