Ночами вокруг основных стоянок кораблей дежурили подвижные и неподвижные дозоры, организовывались пулеметные огневые точки. В домах на подходах к кораблям построили дзоты.
Военный совет обязал командиров соединении кораблей сформировать из экипажей стрелковые подразделения по типовым штатам морской пехоты. Их использование планировало управление обороны города. Зенитная артиллерия кораблей, находящихся в Ленинграде, включалась в общую систему противовоздушной обороны с подчинением командиру зенитного полка.
Невскую губу и морские подходы к городу держал под контролем Кронштадт. Была отработана организация взаимодействия с войсками 23-й армии, оборонявшей северный берег Невской губы, и войсками Приморской оперативной группы, которая отвечала за оборону ораниенбаумского плацдарма.
Комендантом крепости Кронштадт был генерал А. Б. Елисеев, военкомом бригадный комиссар П. В. Боярченко, начальником политотдела - полковой комиссар Л. Е. Копнов. Несколько позже Военный совет флота назначил комендантом крепости генерал-майора И. С. Мушнова. Мы считали, что генералу Елисееву, пережившему трагедию на Моонзундских островах, лучше быть на более спокойном участке, артиллерийском полигоне, куда он был назначен начальником.
И. С. Мушнов был очень опытным морским артиллеристом, хорошо знал местность на ораниенбаумском плацдарме и на обоих берегах Невской губы. В двадцатые годы он командовал артиллерийской бригадой, входившей в состав Кронштадтской крепости, а затем и всей артиллерией Кронштадта и хорошо знал материальную часть артиллерии, правила стрельбы по морским, береговым и сухопутным целям. Иннокентий Степанович был в то же время энергичным, требовательным к себе и подчиненным командиром. Каждую стрельбу он подробно разбирал с подчиненными, совершенствуя культуру ведения огня, обучая их бить врага наверняка.
Несмотря на все эти меры, у нас все же не было полной уверенности в том, что нам удастся остановить противника в случае его наступления по льду. Поэтому мы еще раз изучили возможности максимального использования артиллерии и авиации флота, усиления инженерной обороны на льду. На специальном заседании Военного совета флота был рассмотрен план мероприятий по укреплению обороны Котлина. Мы утвердили создание здесь нескольких оборонительных районов. В каждом из них предусматривалась система деревоземляных пулеметных и орудийных огневых точек, подводных и наземных минно-взрывных и фортификационных заграждений, строились командные пункты, местность расчищалась для улучшения углов обстрела. Город окружила цепь подводных управляемых фугасов общей протяженностью 25 километров. Круговая оборона Кронштадта была развита в глубину путем укрепления зданий на магистральных улицах. Западную часть города прикрывал противотанковый ров, фланкируемый орудийным огнем. Огневые сооружения имелись на всех молах и причалах гаваней.
Для усиления артиллерийской обороны были сняты батареи с некоторых островов; сняли также орудия с подводных лодок типа К и П, достраивавшихся на заводах. В Кронштадте вновь организовали батареи с орудиями среднего калибра. Они были установлены в Петровском парке, у Ленинградской пристани, на территории Морского судоремонтного завода, кладбище, Лисьем Носу.
По указанию Военного совета флота Кронштадтский морской завод создал несколько десятков бронированных плавучих дотов и специальных саней для установки на них крупнокалиберных пулеметов.
За каждым кораблем, находившимся в гаванях Кронштадта, за каждой береговой и железнодорожной батареей были закреплены секторы для стрельбы по льду. Разработали систему неподвижного, заградительного и сосредоточенного огня, которая вводилась в действие по приказу коменданта, крепости или начальника артиллерии крепости полковника Д. И. Терещенко. Батареям и кораблям дали координаты, определили расход боеприпасов. Кронштадтские форты во взаимодействии с войсками 23-й армии и Приморской оперативной группой надежно прикрывали подступы к городу с запада.
Активное участие в создании зимней обороны Кронштадта принимали районный комитет партии и исполком районного Совета Кронштадта. По их призыву все население города-крепости включилось в строительство оборонительных сооружений.
Большие оборонительные работы проводились также и на льду. В лед вмораживали тысячи столбов, на них натягивали колючую проволоку, на снег укладывали противопехотные и противотанковые мины. В снегу рыли окопы, ходы сообщения, создавали укрытия. В специальных броневых точках, созданных на Кронштадтском морском заводе, устанавливали 45-миллиметровые пушки и пулеметы, снятые с катеров и кораблей. Работали только ночью, не считаясь с жестокими морозами и ветрами.