12 августа флотилия, получив приказ, приступила к эвакуации 142-й стрелковой и 198-й моторизованной дивизий. Были использованы девять транспортов, двенадцать барж с буксирами в обеспечении тральщиков. Вывозка красноармейцев и боевой техники производилась под ожесточенным огнем противника, делавшего неоднократные попытки форсировать пролив Меркатсимен Саари, зайти в тыл нашим частям. Отряд катеров флотилии под командованием капитан-лейтенанта М. П. Рупышева и батальонного комиссара А. И. Федотова не позволил противнику сделать это. За мужество и отвагу, проявленные при обеспечении эвакуации, капитан-лейтенант
М. П. Рупышев, батальонный комиссар А. И. Федотов, краснофлотец В. П. Кардаш первыми на Ладоге были награждены орденом Красного Знамени.
Враг прилагал отчаянные усилия, чтобы изолировать от мест погрузки хотя бы часть наших войск. На одном из участков ему это удалось - был отрезан полк. На помощь подошли две канонерские лодки и сторожевой корабль "Конструктор". Подавив огневые точки, они заставили противника отойти, затем, прорвавшись под прикрытием огня к берегу, сняли личный состав и на баржах вывезли боевую технику.
К 16 августа резко ухудшилась обстановка на участке 168-й стрелковой дивизии в районе Раута-Лахти. На ее эвакуацию было приказано переключить большую часть транспортных средств. Девятнадцать кораблей, транспортов и буксиров с баржами под сильнейшим вражеским артиллерийско-минометным огнем вошли в узкую гавань Раута-Лахти, которую краснофлотцы назвали "бухтой смерти". Трое суток, день и ночь отражая удары катеров противника, ладожцы выполняли боевой приказ.
К исходу 20 августа 10 995 бойцов и командиров, 1823 лошади, 136 автомашин, 112 орудий и минометов 168-й дивизии были вывезены из Раута-Лахти на остров Валаам. Через пять дней после эвакуации эта дивизия вела уже напряженный бой на юго-восточных подступах к Ленинграду, прикрывая участок Апалово, Колпинская колония.
В срыве вражеских планов молниеносного захвата Ленинграда летом 1941 года важную роль сыграли непрерывные активные боевые действия надводных и подводных кораблей и авиации флота, находящихся в Таллине, Палдиски, Моонзунде и Ханко.
Нарушая вражеские морские коммуникации в Балтийском море и Рижском заливе, флот срывал снабжение наступающих на Ленинград фашистских войск группы армий "Север". По-прежнему выходили на позиции наши подводные лодки, велась борьба с минной опасностью, усиливалась минная угроза врагу.
В середине июля подводная лодка "Л-3" совершила свой удачный поход в воды противника. "Л-3" имела задание разведать фарватеры и поставить мины на коммуникациях противника. Выйдя из Таллина, она проследовала к Данцигской бухте. Здесь наблюдатели зафиксировали несколько направлений, на которых появлялся дым судов. Надо было определить, какое направление чаще всего используется фашистами.
Командир корабля капитан 3 ранга П. Д. Грищенко, за внешней флегматичностью которого скрывались огромная выдержка и терпение, как нельзя лучше подходил для такого дела. Он долго выбирал точку для постановки минной банки, но зато поставил исключительно удачно. Не прошло и трех часов, как на ней подорвался крупный вражеский транспорт. В перископ "Л-3" был хорошо виден высокий столб дыма и пламени, в отсеках ясно слышен гул взрывов. В течение часа из района подрыва транспорта доносились звуки разрывов глубинных бомб: гитлеровцы предположили, что транспорт атакован торпедами с подводной лодки... Позднее выяснилось, что у Данцига были потоплены не один, а два транспорта. Наши подводники, вероятно из-за разрывов глубинных бомб, пропустили салют своей второй победы.
Возвращение из похода было не столь приятным. "Л-3" обнаружил противник, началось преследование. После взрыва вражеских глубинных бомб на подводной лодке спружинил и пропустил около тонны воды рубочный люк, нарушилась расклинка батарей, топливо подзалило аккумуляторную яму. Начался пожар, погас свет... В полдень 31 июля "Л-3" вошла в базу.