Командованию базы предстояло прежде всего установить тесную связь с командующими 42, 55 и 8-й армиями, Невской оперативной группой - поддержка этих соединений была ее главной задачей.
Принимались меры по улучшению организации ремонта кораблей. В этот период окончательно оформилось управление начальника артиллерии флота. Оно подчинялось Военному совету флота, на который была возложена ответственность за правильное использование морской артиллерии. Начальником управления оставался контр-адмирал И. И. Грен.
Штаб артиллерии фронта и управление начальника артиллерии флота разработали совместный план борьбы с батареями противника, обстреливавшими город. Между КП артиллерии фронта, флота, армий установили прямую связь. Наличие же оборудованных на топографической основе огневых позиций кораблей и батарей, сети наблюдательно-корректировочных постов, усиление техническими средствами разведки и корректировки огня повышали эффективность стрельб артиллерии флота по наземным целям противника.
Улучшили также управление железнодорожной артиллерией. В начале войны на флоте было пять отдельных мощных железнодорожных батарей, созданных советской промышленностью и обладавших маневренностью и высокими тактико-техническими данными, значительно превосходящими подобные образцы иностранных установок.
С началом боевых действий на дальних подступах к Ленинграду интенсивно действовали новые отдельные железнодорожные батареи, к осени их было в составе флота несколько десятков. Остро встал вопрос об их подчинении единому командованию.
В конце 1941 года все железнодорожные батареи вывели из подчинения общевойсковых командиров. Приказом народного комиссара ВМФ было создано крупное соединение флота - 101-я морская железнодорожная артиллерийская бригада. Ее командиром стал опытный артиллерист, участник боев на Ханко генерал-майор Иван Николаевич Дмитриев, военкомом - полковой комиссар Григорий Макарович Яичников, начальником штаба - подполковник Н. С. Кузьмин, начальником артиллерии - майор С. С. Кобец. В составе бригады было 28 батарей из 63 орудий, их свели в семь артиллерийских дивизионов.
В тяжелых боях соединение железнодорожной артиллерии флота показало свою мощь. Десятки тысяч снарядов крупного калибра были посланы на головы фашистов. Некоторые организационные мероприятия были проведены в отношении флотской авиации. Генерала М. И. Самохина оперативно подчинили командующему авиацией фронта генералу С. Д. Рыбальченко. В Новой Ладоге создали оборудованный командный пункт авиации, на который возложили прикрытие коммуникаций на Ладоге и пунктов разгрузки в Гостинополье. Для ударов по кораблям в море была создана специальная группа самолетов-бомбардировщиков под командованием полковника Е. Н. Преображенского. Это был резерв командующего флотом на случай появления кораблей противника в море.
Несмотря на признаки затухания наступления вражеских войск, никто из нас не думал, что противник откажется хотя бы временно от захвата города.
Именно в эти дни командующий фронтом генерал армии Г. К. Жуков решил организовать наступление 42-й и 8-й армий в направлении Урицк, Новый Петергоф с одновременной высадкой тактических десантов на южное побережье Невской губы. Приказ готовить десанты был отдан как раз в это время. Ударив по тылам, они должны были нарушить управление вражескими войсками и тем самым содействовать нашим армиям в изгнании противника с южного побережья Невской губы.
В конце сентября начальник штаба флота контр-адмирал Ю. Ф. Ралль был вызван к Г. К. Жукову для доклада о возможности высадки десанта в районе Петергофа. Ю. Ф. Ралль высказался за высадку десанта только при поддержке артиллерии. Командующий фронтом не согласился с ним, мотивируя тем, что предварительная обработка плацдарма высадки демаскирует десант.
Через несколько дней командующий войсками фронта генерал Г. К. Жуков вызвал командира Ленинградской военно-морской базы контр-адмирала Ю. А. Пантелеева и приказал ему высадить внезапно в тыл врага роту морских пехотинцев из 6-й бригады, занимавшей участок под Урицком. Рота должна была нанести удар по тылам врага, поддержав наступление войск 42-й армии. Мы немедля приступили к выполнению поставленной комфронтом задачи, начали срочно готовить людей и высадочные средства. Но так как войска 42-й и особенно 8-й армии, находящейся на ораниенбаумском плацдарме, были сильно обескровлены, то наступление успеха не имело. Высаженные в Петергофе и Стрельне десантники с малыми потерями продвигались в глубину прибрежной полосы, пытаясь развить наступление, однако, не получив поддержки сухопутных войск, попали в тяжелое положение.
В ночь на 3 октября катера охраны водного района Ленинградской военно-морской базы под руководством контр-адмирала Ю. А. Пантелеева высадили восточнее стрельнинского завода "Пишмаш" усиленную роту из состава той же 6-й бригады морской пехоты. Десант благополучно был доставлен на вражеский берег, углубился на захваченную территорию; позже он попал в окружение, часть десантников погибла.