Тем временем столица России вот уже десять дней жила в тревожном ожидании: чем же разрешится противостояние президента и Верховного Совета? 21 сентября Борис Ельцин подписал Указ № 1400 «О поэтапной конституционной реформе в России». По этому Указу, Съезд и Верховный Совет должнй бьггь распущены и выборы в новый парламент должны были состояться 12 декабря 1993 года. Однако на чрезвычайном заседании президиума Верховного Совета Александр Руцкой объявил о принятии на себя полномочий исполняющего обязанности президента России. В ответ по указанию президента в здании Дома Советов на Краснопресненской набережной была отключена правительственная связь. Началось открытое противостояние двух ветвей власти.
К 1 октября, казалось, конфликт стал разряжаться. Сергей Филатов, Олег Сосковец, Юрий Лужков — с президентской стороны, Рамазан Абдулатипов и Вениамин Соколов — со стороны Верховного Совета подписали ночью в здании гостиницы «Мир» Протокол № L. К утру 1 октября к зданию Дома Советов подключили часть коммуникаций. Однако на утреннем заседании съезд аннулировал достигнутые договоренности. Новые переговоры в Свято-Даниловом монастыре ни к чему не привели.
2 октября «анпиловцы» перегородили баррикадами Садовое кольцо у Смоленской площади. Вскоре произошло их столкновение с ОМОНом, в результате чего пролилась кровь. Во многих местах Москвы начались стычки с милицией. Все столкновения носили ожесточенный характер (одни использовали арматуру и бутылки с зажигательной смесью, другие — дубинки и пластиковые пули).
3 октября сторонники Верховного Совета прорвали заслоны милиции у Крымского моста и направились к площади Свободной России. ОМОН, стоявший вокруг «Белого дома», покинул охраняемую им территорию. Александр Руцкой призвал к штурму мэрии и «Останкино». В четвертом часу сторонники Верховного Совета взяли нижние этажи гостиницы «Мир» и мэрии. Борис Ельцин на вертолете вернулся из загородной резиденции в Кремль, где тут же своим указом освободил Руцкого от исполнения обязанностей вице-президента. В Москве было введено чрезвычайное положение. Вечером начался штурм телецентра, В результате него погибло около сотни человек. У Моссовета всю ночь продолжался митинг сторонников президента. В Москву тем временем были введены Тульская и Рязанская воздушно-десантные дивизии.
4 октября в 7 часов утра начался обстрел «Белого дома» из БТР. В 9 часов утра Борис Ельцин выступил по телевидению с обращением. А в 5 часов вечера войска и спецподразделения вошли в Дом Советов. При штурме погибло 20 военнослужащих и милиционеров. Внутри Дома Советов, по официальным данным, было обнаружено не менее 40 трупов.
Всю ночь в Москве продолжалась снайперская война. В целом, по официальным данным, за время октябрьских событий погибло 146 человек, около тысячи получили ранения и травмы.
В тот день были арестованы Александр Руцкой, Руслан Хасбулатов, Альберт Макашов, Виктор Баранников, Андрей Дунаев.
5 октября новым Генеральным прокурором России вместо Валентина Степанкова указом Б. Ельцина был назначен 51-летний юрист из Омска Алексей Казанник. Во время выборов в Верховный Совет СССР он добровольно уступил свое место Борису Ельцину, чем обеспечил более широкий политический простор будущему президенту России. Подоплека этого назначения была такова.
4 октября в 7.30 утра Борис Ельцин позвонил А. Казаннику ломой и предложил вылететь в Москву первым же рейсом в снлзи с назначением на пост Генерального прокурора России.
— Вас не смущает, что я не работал в прокуратуре? — спросил А. Казанник.
— Не смущает, — ответил президент.
Дорога А. Казанника в Москву оказалась не без приключений. Самолет, в котором он летел, сделал вынужденную посадку в Нижнем Новгороде. Причиной стал звонок неизвестного, предупредившего городские власти о том, что самолет заминирован. Мины, правда, не обнаружили. Зато удалось засечь телефон звонившего и задержать его.
5 октября А. Казанник был представлен руководству Генеральной прокуратуры, после чего новый Генпрокурор беседовал наедине с В. Степанковым. 6 октября А. Казанника представили личному составу Генеральной прокуратуры и он приступил к работе.
Между тем если покушение на жизнь нового Генерального прокурора оказалось липовым, то вот то, что произошло в Кемерово, таковым назвать нельзя. Там неизвестные пытались застрелить председателя Кемеровского облсовета, одного из соперников Бориса Ельцина на президентских выборах 1990 года Амана Тулеева. Произошло это 3 октября, в разгар московской бойни. Аман Тулеев и его помощник возвращались домой поздно вечером. Дойдя до подъезда своего дома, Тулеев простился с помощником и поднялся к себе.
Зайдя в квартиру, он хотел было снять ее с сигнализации, но не успел: позвонили в дверь. Услышав звонок, Тулеев решил, что это вернулся помощник, крикнул «иду» и пошел открывать. В это время из-за двери раздались два хлопка, похожие на выстрелы.