Новгород (который никогда не подвергался набегу татар), а также Москва были двумя выдающимися исключениями из этой картины общего упадка городов. Во многом благодаря расположенной в нем фактории Ганзейского союза Новгород стал одним из главных торговых центров Восточной Балтики. В период своего расцвета, в XIII–XV вв., его население насчитывало от пятидесяти до ста тысяч человек. Москва, в начале монгольского владычества ничем не примечательное место, неуклонно росла. В 1337 г. пожар сровнял город с землей – как и другие русские города, он был построен почти целиком из дерева, и, если верить летописи, пожаром было уничтожено 18 церквей. В 1343 г. случился очередной великий пожар – четвертый за 15 лет, и на этот раз летописи сообщают о сожжении 28 церквей. Существует предположение, что в 1382 г., когда монголы под предводительством Тохтамыша разграбили город, не менее 35 000 москвичей были убиты и еще 25 000 угнаны в плен. Но город был уже настолько велик, что смог быстро оправиться от огромной потери. Немногим более десяти лет спустя Москва занимала большую территорию, чем до прихода Тохтамыша. В 1446 г. монголы потребовали от москвичей 2000 рублей дани, из расчета 2 рубля на 100 жителей, что указывает на то, что они оценивали население города в 100 000 человек.
Если эти оценки верны, Москва и Новгород были одними из величайших городов всей Европы. В позднем Средневековье очень немногие городские центры где-либо еще насчитывали более 20 000 жителей. Единственными, кто соперничал с русскими митрополиями по размеру, были Милан и Венеция, в каждом из которых проживало более 100 000 человек (середина XIV в.), Париж с населением в 80 000 человек (1378 г.), а также Флоренция и Гент с примерно 55 000-ным населением каждый (середина XIV в.).
Помимо физических разрушений от рук монголов, города не смогли восстановить свое былое значение в экономике, ибо монголы лишили их ремесленных мастеров. Этих работников забирали на ханскую службу и увозили жить в монгольский мир. Захватчики следовали этой практике не только потому, что они нуждались в товарах, которые умели изготовлять эти ремесленники. Они также преследовали и военную цель. Они рассчитывали, что, лишив русских их мастеров, умевших изготавливать оружие и доспехи и строить крепости, они ослабят военный потенциал России. Результатом такой политики стало почти полное исчезновение городского ремесленного производства в первом веке монгольского владычества. Это отняло у города большую часть его экономических функций. Теперь, не имея возможности приобретать городские товары, крестьяне вынуждены были полагаться на собственные навыки и деревенское ремесленное производство, а землевладельцы набирали и обучали штат ремесленников для работы в барских мастерских для удовлетворения своих потребностей. Некоторые из этих мастеровых в княжеских и монастырских владениях были бывшими городскими ремесленниками, которым удалось бежать от своих похитителей или которые были выкуплены у них их нанимателями.
Другой важной причиной ухудшения городской жизни в течение этих столетий явилось снижение значения торговли. Большая степень самообеспечения, развившаяся в сельском хозяйстве, свидетельствует о низком уровне торговли. Внутренняя торговля почти полностью носила местный характер. Транспортировка товаров, всегда трудная и часто опасная до появления современного транспорта, теперь стала еще более опасной из-за татарских и русских разбойников, которые охотились на странствующих купцов. Однако существовал некоторый региональный обмен, и договоры между князьями, а также между Новгородской республикой и различными княжествами начиная с XIV в. содержали некоторые коммерческие оговорки в виде тарифных уступок и обещаний неограниченных торговых прав купцам друг другу. Новгород играл особо важную роль в межрегиональной торговле не только из-за своего превосходства в качестве торгового центра, но и потому, что город зависел от хлеба в Окско-Волжском районе.
Монголы были заинтересованы и активно принимали участие во внешней торговле, и купцы, будь то монголы или иностранцы, пользовались среди них особым уважением и высоким статусом. Но они предпочитали монополизировать торговлю, когда могли, так что прямой обмен между Русью и Востоком практически исчез в первом веке после монгольского завоевания. Со временем русские купцы стали проникать на монгольскую территорию, но иноземные купцы, кроме монголов, редко заходили в Окское Поволжье. Единственным местом, где торговля с Западной Европой сохраняла свое значение, оставался Новгород. Основными статьями экспорта этого города служили меха, шкуры, кожа, воск, пенька, лен и рыбий жир. Некоторые из этих изделий производились в княжествах Окско-Волжского региона, но большинство из них поступало из великой новгородской колониальной империи, которая простиралась по всей России от Балтики до Урала. В обмен на это сырье и полуфабрикаты ганзейские немцы, доминировавшие во внешней торговле Новгорода, привозили промышленные товары, в первую очередь ткани.