В декабре 1777 года Капитул — орган правления российским масонством шведского подчинения — был учрежден. Его существование по условиям шведов должно было храниться в глубочайшей тайне от «масонской толпы». «В силу данных инструкций Капитул Феникса являлся для русских «каменщиков» шведского обряда тайным верховным правлением и тайным верховным судилищем, окончательное утверждение постановлений коего зависело от главноуправляющего шведского Капитула». Для более же широкого круга русских масонов, не посвященных в высокие степени, в Петербурге — видимо, специально для ублажения национальной гордости — была учреждена Великая Национальная ложа, которой якобы надлежало осуществлять правление всеми ложами, принявшими шведский обряд. Однако практически никаким правом она не пользовалась, вся власть находилась в тайном Капитуле Феникса, где восседали в основном иностранцы, граф Фр. Хорн, Нильс Бъелке, Стенхаген, барон Пфейф, Стоккенстрем, Левенгаупт, Лейонгельм, барон Вахтмейстер, Стенбок, Плумменфельд, барон Спарре, Фреденхейм и др. Эти люди контролировали деятельность многих российских лож, назначали и смещали их руководителей, вели с помощью шифров секретную переписку с герцогом Зюдерманландским, собирали информацию от русских масонов о различных сторонах жизни общества, в том числе о настроениях и перемещениях в российском царском дворе, в случае надобности снабжали русских масонов деньгами, чем еще больше привязывали к своему ордену. Деньги, впрочем, давали далеко не из чувства благотворительности. Велся строгий учет. Эти функции были возложены на Директорию, учрежденную при петербургском Капитуле. В состав Директории входили избранные из избранных. Согласно инструкции они были наделены правом «суда над членами масонского Ордена и наблюдения за сохранением Орденских законов, статутов и обрядов»; без ведома Директории ни один новый член не мог быть принят в состав той или иной ложи.
Статья 4-я инструкции гласила: «Так как Дирекция России зависит единственно от Великого Провинциального Мастера IX провинции, она обязана будет строго исполнять все статьи договора 1778 года и никогда самовластно ничего нового не учреждать, не получив предварительного согласия Великого Провинциального мастера. На этот конец Директория будет поддерживать постоянную переписку с Директорией Северного Приората, имеющей пребывание в Стокгольме, сообщать ей не только все то, что могло бы каким-нибудь образом касаться общего блага Ордена, но также и все то, что относится к частным делам лож и Капитулов и что могло бы заслуживать внимания Великого Провинциального Мастера. Поэтому петербургская Директория будет каждые полгода посылать Великой Директории в Стокгольм точный отчет о ложах и Капитулах, работающих на всем пространстве Российской империи, и в конце каждого года краткий общий отчет о замечательнейших событиях, кои произошли в течение года».
В шведской системе, как, впрочем, и в других масонских орденах, действовала строгая иерархическая система: подчинение младших более старшим (при этом гражданские титулы и чины в расчет не принимались). Это прежде всего зависело от степени посвящения. В шведской системе насчитывалось тогда десять градусов. Любопытно при этом отметить, что как в XVIII веке, так и в более поздние времена русские масоны шведского обряда не имели в своих архивах титулов выше 7-й степени, следовательно, не располагали их тайнами, не имели права контроля за теми «просветленными личностями», под руководством которых они вынуждены были работать. Этим правом не обладали даже графы Апраксины, князья Гагарины, Куракины, Долгорукие, графы А. С. Строганов, А. И. Мусин-Пушкин, Шувалов, князь Н. В. Репни и и другие.
Шведская система с каждым годом занимала в России все новые рубежи. Она распространилась даже на армию и флот.
«За армиями, — отмечала исследователь истории русского масонства Т. Соколовская, — они следовали в поход и уходили в море с отплывающими в бой кораблями. Одна из таких лож, под наименованием ложи «Нептуна», работала на корабле «Ростислав», где почти весь офицерский состав и многие из матросов и солдат были масонами. Адмирал С. К. Крейг был управляющим мастером ложи и подчинен по шведскому масонству герцогу Карлу Зюдерманландскому, являвшемуся в кампании 1788 года врагом России».
По поводу «военных» лож Екатерина II, комментируя в 1792 году материалы судебного следствия, писала: «…если в оных такие же правила есть, какие князю Репнину при вступлении в орден предписаны, то едва ли удобны для воина».
Между тем не упускали малейшей удачной возможности и берлинские масоны, стремящиеся распространить свое влияние на Россию. С этой целью, в частности, и было установлено тщательное наблюдение за Н. И. Новиковым, его литературно-издательской деятельностью, за его умонастроением и морально-психологическим настроем.