Конфликт был улажен в конце концов чисто семейными средствами. Царь презирал брата за «дурость» и слабоволие и проявил к нему снисхождение. Он полностью простил его, вернул удельное княжество, но при этом окружил людьми, в верности которых не сомневался. Свою тетку, энергичную и честолюбивую княгиню Ефросинию, Иван не любил и побаивался. В отношении нее он дал волю родственному озлоблению. Ефросиний пришлась разом ответить за все: нестарая, еще полная сил женщина надела монашеский куколь. В период суда над Старицким было получено множество сведений о пролитовских связях удельно-боярской оппозиции. Самый важный донос поступил от бывшего сподвижника Адашева боярина М. Морозова, находившегося в почетной ссылке в Смоленске. После полоцкой кампании в руки Морозова попал литовский пленник, заявивший, что литовцы спешно стягивают силы к Стародубу, наместник которого обещал им сдать крепость. Морозов поспешил сообщить о показаниях пленника царю, Иван придал отписке Морозова самое серьезное значение. Стародубские воеводы были арестованы и преданы суду. И хотя показания пленного более всего компрометировали наместника Стародуба князя Василия Фуникова, пострадал не он, а его правая рука — воевода Иван Шишкин-Ольгов, родня Адашева-Ольгова. Власти обвинили в измене всех родственников покойного правителя. На плаху посланы были его брат окольничий Данила Адашев с сыном, тесть Петр Туров, их родня — Сатины. Суд над стародубскими изменниками повлек за собой массовые преследования. По свидетельству современников, власти составили обширные проскрипционные описки. В них стали записывать «сродников» Сильвестра и Адашева, и не только «сродников», но и «друзей и соседов знаемых, аще и мало знаемых, многих же отнюдь и не знаемых». Арестованных мучили «различными муками» и ссылали на окраины, в «дальние грады». Стародубское дело накалило политическую атмосферу до крайних пределов и вызвало первую вспышку террора.
Жертвами террора стали «великие» бояре Иван и Никита Шереметевы, бояре и князья Михаил Репнин, Юрий Кашин, Дмитрий Хилков и другие.
Страх и подозрения омрачили взаимоотношения Ивана с его старыми друзьями, к числу которых принадлежал князь Андрей Михайлович Курбский. Царя, по его словам, уязвило «согласие» князя с изменниками, и он подверг воеводу «малому наказанию», отправив его в крепость Юрьев с почетным титулом наместника Ливонии. В глазах Курбского такое назначение было знаком немилости.
Только что закончился победоносный полоцкий поход, в котором Курбский выполнял весьма важное и опасное поручение. Он командовал авангардом армии — сторожевым полком. Обычно на этот пост назначали лучших боевых командиров. В дни осады Полоцка Курбский находился на самых опасных участках осадных работ: он устанавливал туры против неприятельского острога. После завоевания Полоцка победоносная рать вернулась в столицу, ее ждал триумф. Военачальники могли рассчитывать на награды и отдых. Но Курбский лишен был всего этого. Царь приказал ему ехать в Юрьев и дал на сборы менее месяца. Всем памятно было, что Юрьев послужил местом ссылки «правителя» Алексея Адашева. Прошло менее трех лет с того дня, когда Адашев после успешного похода в Ливонию отбыл к месту службы в Юрьев, потом заключен был в юрьевскую тюрьму и там умер.
По прибытии в Юрьев Курбский обратился к своим друзьям, печерским монахам, с такими славами: «Многажды много вам челом бью, помолитеся обо мне, окаянном, понеже паки напасти и беды от Вавилона на нас кипети многи начинают». Чтобы понять заключенную в словах Курбского аллегорию, надо знать, что Вавилоном называли тогда царскую власть. Почему Курбский ждал от царя новых для себя неприятностей? Вспомним, что в это самое время Грозный занялся розыском о заговоре князя Владимира, которому Курбский доводился родственником. Царские послы впоследствии заявили в Литве, что Курбский изменил царю задолго до побега, в то самое время, когда он «подыскивал под государем нашим государства, а хотел видети на государстве князя Володимера Ондреевича, а за князем Володимером Ондреевичем была его сестра двоюродная, а княж Володимераво дело Ондреевича потому же как было у вас (в Литве) дело Швидригайлу с Ягайлом».
Аналогичные обвинения Грозный адресовал и непосредственно эмигранту Курбскому. Последний не оставил без внимания царские упреки и ответил на них в таких выражениях: «А о Володимере брате воспоминаешь, аки бы есть мы его хотели на царство — воистину о сем не мыслих, понеже (Володимир) и не достоин был того». Беглый боярин утверждал, будто он угадал грядущую немилость от царя в тот момент, «когда еще сестру мою (царь) насилием от меня взял еси за того то брата твоего». Тут Курбский явно покривил душой.
Именно брак его сестры княжны Одоевской со Старицким ввел князя в круг ближней царской родни и позволил достичь высокого положения при дворе.