А пока среди флота происходили описанные выше движения, линкоры с Евангелионами на борту и их группа прикрытия отделились от этой эскадры и направились вперед. Перед ними стояла задача подойти к острову Оаху на максимально возможное расстояние. Причем сделать это не с той стороны острова, на которой расположена военная база, а с противоположной. В этом случае паника, которая возникла бы в момент внезапной атаки и уничтожение авиации на аэродромах не позволила бы отреагировать на высадку Евангелионов на сушу. А после высадки база была бы обречена. Так как справиться с боевыми комплексами из другого времени и мира здесь не смог бы никто.
Прошло два часа, и первые самолеты закружили над просыпающимся Перл-Харбором. Футида увидел, что никто не готов оказать сопротивления и подал сигнал к началу атаки. Идущие несколько ниже бомбардировщиков, торпедоносцы вышли на курс атаки. Их цели стояли прямо посреди бухты. "Лексингтон" и "Энтерпрайз" были обречены. Не имея хода, посреди бухты, заполненной другими кораблями, которые серьезно ограничивали их маневры, авианосцы Тихоокеанского флота стали легкой мишенью. Торпеды сорвались с подвесок самолетов и, поднимая фонтаны брызг, плюхнулись в воду. Путь до корпусов кораблей был очень коротким. Столкновение и мощный взрыв. Поврежденный "Энтерпрайз" начал крениться на бок. Еще одно попадание и новый взрыв. И так снова и снова. Прошло две минуты с начала атаки и несчастный авианосец, получивший попадания пяти торпед улегся на бок и затонул, перегораживая фарватер. Участь "Лексингтона" оказалась более печальной. Получив попадание двух торпед, он тоже начал тонуть, но третье попадание произошло в район топливных баков. Так как они были полупустые, последовал мощный взрыв, который разорвал авианосец пополам.
Но этим беды Тихоокеанского флота США от выпущенных по нему торпед не ограничились. Несколько торпед прошли мимо целей, и попали в линкоры. Линкор "Аризона" получил попадание двух из них и начал быстро тонуть. Такому исходу способствовал тот факт, что все водонепроницаемые переборки были открыты. Еще одна торпеда угодила в линкор "Невада" и вызвала серьезный крен на правый борт, который стремительно увеличивался. Команда корабля принимала все возможные меры для его спасения, но очередное попадание случайной торпеды заставило корабль перевернуться. При этом погибла половина его команды.
Но кроме торпедоносцев в первой волне атаки были еще и бомбардировщики. Они нанесли бомбовый удар по базе подлодок и пустили половину из них на дно. Но только этим урон базе подводных лодок не ограничился. Пара бомб попала в емкости горючего, предназначенного для субмарин, и вызвала сильный пожар, который начал распространяться на соседние емкости с горючим и маслами. Базу подводных лодок окутали густые клубы черного дыма, сквозь которые прорывалось багровое пламя.
Кроме базы подводных лодок от налета пострадали и аэродромы острова Форт и авиабаза корпуса морской пехоты Эва. Оба аэродрома были растерзаны мощным налетом. Ангары были разрушены, емкости с горючим горели, самолеты получили серьезные повреждения и не могли взлететь. Зенитное прикрытие аэродромов было выбито практически полностью. Самолеты Императорского флота, освободившиеся от груза бомб, расстреливали стоящие на взлетных полосах американские самолеты из пулеметов.
Прошло еще немного времени, и на остров, напуганный внезапным нападением, навалилась вторая волна авиации с японских авианосцев. Она нанесла скоординированный удар по остальным аэродромам. Одна группа самолетов атаковала базу гидроавиации на Канэохе, расположенную с другой стороны о. Оаху. Атаковавшие Канэохе самолеты шли на малой высоте и расстреливали из пулеметов стоявшие на якоре гидросамолеты. Следом подошли бомбардировщики и начали бомбардировку и обстрел аэродрома и окружающих его зданий. По всему берегу горели самолеты и ангары. Как база, с которой гидросамолеты могли бы производить разведку или контратаки, Канэохе была полностью выведена из строя.
Пока часть самолетов атаковала базу гидроавиации, остальные самолеты обрушились на аэродром Хикем, рядом с Перл-Харбором, и на аэродром Уэллер, в центре острова. Не остался без внимания авиации Страны Восходящего Солнца и аэродром Боллоуз. Везде воцарился хаос из рвущихся бомб и горящих самолетов, складов боеприпасов и горючего.
Не следует думать, что американцы, которых нападение застало врасплох, не пытались оказать сопротивления силам агрессора. Не прошло и пяти минут с момента первого взрыва, как зенитная артиллерия открыла огонь. Но он был не эффективным и смог повредить всего навсего десяток самолетов, пилоты которых, понимая, что им не вернуться на свои авианосцы, дружно врезались в стоящие на рейде корабли, нанося им максимально возможный ущерб. Эта атака с воздуха привела к пожарам на линкорах "Оклахома", "Калифорния" и "Западная Вирджиния".