Впрочем, он не забросил футбол окончательно, некоторое время выступал за любительскую команду, потом тренировал команду Кембриджского университета и наконец возглавил клуб «Бат Сити». Этих любителей Мэл вывел в третий раунд Кубка Англии, где они уступили «Болтону» только в переигровке. После недолгой работы в Канаде Эллисон в сезоне 1964/65 возглавил «Плимут», который при нем впервые в своей истории вышел в полуфинал Кубка Лиги. Однако именно в чемпионате, где команда финишировала на скромном 15-м месте во втором дивизионе, Эллисон продолжал свои эксперименты. Его команда активно использовала схему игры с последним защитником, а 21 ноября 1964 года успешно реализовала еще одну задумку тренера.
По иронии судьбы «Плимут» в этот день принимал «Манчестер Сити» — будущую команду Эллисона, в которой он проведет свои лучшие годы как тренер. Хозяева получили право на 11-метровый, и к отметке подошел центральный защитник Джонни Ньюмэн. Но вместо удара он несильно катнул мяч вперед и вправо. В штрафную по свистку ворвался молодой форвард «Плимута» Майк Требилкок и отправил мяч в сетку! Арбитр не растерялся, и тут же указал на центр поля — гол забит по правилам!
Летом 1965 года Эллисона уволили из «Плимута» за то, что он спал с женой одного из директоров клуба, и он оказался в «Ман Сити» в роли ассистента менеджера Джо Мерсера. Они идеально подошли друг другу характерами — веселые, жизнерадостные. Именно эти черты Мерсер и Эллисон сумели привить команде, которую они приняли на 11-м месте во втором дивизионе. Они идеально расписали роли: Мерсер руководил, был настоящим менеджером, а Эллисон тренировал и воспитывал. Футболисты брали уроки балета, с ними занимались лучшие тренеры по спринту, а выносливость закладывалась на тренировках в противогазах. Диетологи разрабатывали для команды специальное меню с учетом особенностей организма спортсменов. Эллисон не разрешал игрокам ничего вредного, кроме... шампанского: «Не вижу ничего плохого в том, что футболист выпьет шампанского. Это хороший, чистый напиток!»
Взлет «Ман Сити» был впечатляющим. С первого же захода с новыми наставниками команда выиграла второй дивизион, затем за три сезона, демонстрируя яркую и результативную игру, стала чемпионом Англии, завоевала Кубок Англии, Кубок кубков и Кубок Лиги! Но в 1971 году из-за внутренних разногласий Мерсер ушел в «Ковентри», а Эллисон получил бразды правления. Как и в «Вест Хэме», он считал себя главным творцом успеха, только теперь это не очень-то отрицали. Однако реальность оказалась суровой.
Будучи прекрасным тренером, Мэл не стал хорошим менеджером. В «Бат Сити» он нашел 28-летнего защитника Тони Бука, который никогда не играл в футбол профессионально, но с появлением Эллисона расцвел настолько, что везде следовал за своим наставником, а в «Ман Сити» и вовсе получил капитанскую повязку! Однако этот случай, по сути, был исключением из правил. Мэл прекрасно разбирался в шампанском, но часто ошибался, когда нужно было пригласить в команду нового игрока.
В апреле 1973 года Эллисон опрометчиво и самонадеянно принял «Кристал Пэлас». Команда стояла на вылет из первого дивизиона, но Мэл не явил чуда. Год спустя «Орлы» играли уже в третьем дивизионе, зато образ «Большого Мэла» сформировался окончательно. Никто больше не обсуждал тренерские идеи Эллисона, зато каждое его появление на публике вызывало фурор. Как правило, он появлялся на тренерской скамье в шикарной фетровой шляпе в стиле 1950-х годов, был иссиня выбрит и немножко пьян. Биг Мэл любил величавой походкой подойти к трибуне соперника, жестами «предсказать» счет — обязательно в пользу своей команды! — и сделать характерное движение рукой вдоль горла. В сезоне 1975/76 «Пэлас» пробился в полуфинал Кубка Англии, но лучше всех ситуацию в команде описал нападающий Алан Уиттл:« При Биг Мэле были отличные тусовки, но дерьмовый футбол». Однажды Мэл устроил для команды фотосессию в бассейне с порнозвездой Фионой Ричмонд. А вот футбол был действительно «дерьмовый». Наверное, потому что в «Кристал Пэлас» Эллисону было не интересно опять начинать с нуля, он пытался продолжить то, что строил в «Манчестер Сити», не имея должного фундамента.
Дальнейшая карьера Биг Мэла превратилась в бесконечное путешествие: Турция, Португалия, Кувейт, скромные английские клубы. Он даже вернулся в «Ман Сити» в 1979 году, но то уже был совсем другой город и другой клуб. Эллисон оставался жизнерадостным гулякой и пропойцей, любителем дорогих женщин и сигар, он плевал на пунктуальность и обязательность, но он больше не попадал в настроение города, где теперь царила депрессивная музыка группы Joy Division. Идеи Биг Мэла становились все более футуристическими: он рассуждал о новой схеме, которую назвал «кольцом» (суть ее заключалась в том, чтобы игроки в середине поля выстраивались по кругу, оставляя в центре огромное пространство), а в «Миддлсбро» пытался убедить использовать на стадионе искусственный газон оранжевого цвета.