Кроме перерывов на летние и рождественские каникулы, каждый год занятия в академии прекращались в период ледостава и весеннего ледохода на Неве. Мосты через Неву (Литейный, Троицкий, Воскресенский) в эти дни разводились, так как передвижение льда угрожало их целостности. Многие преподаватели и некоторые студенты тогда не могли добраться до академии, в связи с чем возникали «узаконенные» перерывы в ее работе. В эти дни проживавшие на Выборгской стороне студенты больше времени проводили в клиниках, стремясь заменить отсутствующих сотрудников.
В Медико-хирургической академии существовал инспекторский надзор, который возлагался на инспектора и его курсовых помощников. Инспектором по «Положению» был офицер, назначенный военным министром. Его образовательный ценз в «Положении» оговорен не был. Помощниками же инспектора являлись врачи — выпускники академии. Инспектор и его помощники должны были не только следить за соблюдением студентами дисциплины, контролировать посещение ими лекций и практических занятий и пр., но и отвечать за их «благонадежность».
В 1869 году во время студенческих волнений, спровоцированных необоснованным исключением из академии двух студентов, инспекция, возглавляемая подполковником Смирновым, демонстрируя свое усердие, передала властям список студентов — «зачинщиков беспорядков». По распоряжению петербургского градоначальника Тренева они были арестованы ночью на квартирах и помещены в следственную тюрьму. Это привело к новой волне студенческих возмущений и произвело тяжелое впечатление на преподавателей. 15 марта в академии были прерваны занятия. 20 марта профессора И. М. Сеченов и С. П. Боткин выступили на заседании Конференции с заявлением, в котором осудили допущенные по отношению к студентам меры насилия и гневно заклеймили поведение инспектора академии, в значительной степени повинного в возникновении конфликта. Они отметили, что инспектор ведет себя неподобающим образом, в общении со студентами груб и «не стесняется тоном и выражениями». Хотя арестованные властями все-таки были наказаны (10 человек приговорены к тюремному заключению, 16 — исключены из академии), инспектору Смирнову пришлось уйти из академии; на смену ему был назначен гвардеец майор Песков.
В период обучения Бехтерева инспекторский надзор в Медико-хирургической академии несколько ослаб. Студенты активно участвовали не только в решении многих вопросов внутренней жизни академии, но и живо откликались на события, происходившие в Петербурге и во всей России.
Сходки студентов обычно устраивались по вечерам в студенческой читальне, которая располагалась на первом этаже левого крыла главного корпуса академии. Читальня была общественной и обслуживалась выборными лицами из студенческой же среды. Формировалась она в течение десятилетий, пополнялась главным образом за счет частных пожертвований. Фонд ее, помимо научной литературы на русском, латинском, немецком и французском языках, составляла беллетристика, немало было книг и по социологии, философии. Желающие могли раздобыть здесь даже издававшиеся нелегально в России и за рубежом работы Герцена, Огарева, Лаврова, Бакунина, Чернышевского, Писарева, Шелгунова. Однако администрация академии сквозь пальцы смотрела на дела студенческой читальни, и даже инспектор и его заместители появлялись здесь крайне редко, стараясь избегать никому не нужных конфликтов.
Читальню составляли два помещения: просторная передняя и большой, длинный зал, перегороженный широким прилавком, за которым стояли шеренги переполненных книгами, громоздких шкафов. На книжных прилавках, столах, широких подоконниках всегда лежали свежие газеты и журналы всевозможной политической направленности — и официальные правительственные, и либеральные, оппозиционные. Многие издательства присылали их сюда бесплатно, и не зря: читались они здесь усердно, газеты подчас зачитывались буквально до дыр. Любознательные студенты живо интересовались общественными проблемами.
Обшарпанные стены читальни всегда оказывались завешены объявлениями о сдающихся меблированных комнатах, о дешевых частных столовых, о возможной работе, предлагавшейся нуждающимся студентам, о предстоящих благотворительных вечерах, о намечаемых сходках, которые в ту пору созывались часто, для обсуждения проблем разного масштаба: и академических, и петербургских, и общегосударственных. Здесь велись дебаты о новых книгах, о выступлениях в печати общественных и государственных деятелей, обсуждались действия столичного генерал-губернатора, решения начальника академии, высказывания некоторых профессоров. В назначенный час студенты заполняли читальню и выслушивали добровольных ораторов, которые говорили прямо из толпы или взобравшись на стол. Нередко митинги в читальне возникали и стихийно. Если по обсуждаемым вопросам высказывались противоречивые мнения, разгорались горячие споры, которые затягивались подчас за полночь.