Реформы 80-х годов не обошли стороной и Медико-хирургическую академию. 10 июня 1881 года Александр III утвердил ее «Временное положение» и устав. В силу этих документов она преобразовывалась в Военно-медицинскую и лишалась последних остатков демократических прав. В академии упразднялись первые два курса. А на третий, ставший самым младшим, принимались лица, проучившиеся два года на медицинских или естественных факультетах университетов. Общее количество студентов академии ограничивалось. Все обучающиеся в ней объявлялись состоящими на военной службе, их обязали принять присягу и носить военную форму, на приобретение которой казна выдавала по 50 рублей. Во время обучения в Военно-медицинской академии все студенты стали получать стипендию в 300 рублей в год. Выпускники академии направлялись на службу по военному или военно-морскому ведомству, по окончании курса им выплачивались положенные офицерам «обмундировочные» деньги. Инспекция академии заменялась курсовыми штаб-офицерами. Академия стала подчиняться, (до особого распоряжения) непосредственно военному министру, которым с начала 1882 года стал сменивший Милюкова генерал-лейтенант П. С. Ванновский.
Таким образом, академия из крупнейшего в России учебного и научного медицинского учреждения превращалась в узковедомственное привилегированное заведение. Ликвидация двух первых курсов академии и соответственно ряда общеобразовательных кафедр, а также сокращение числа студентов приводили к уменьшению научного потенциала этой старейшей высшей медицинской школы и не способствовали росту числа врачей, в которых в ту пору так нуждалась Россия.
«Трудно было примириться с мыслью, — писал один из сотрудников академии, профессор А. П. Дианин, — чтобы для такого учреждения… которое по богатству учебно-вспомогательных средств и по наличию ученых сил могло конкурировать с наиболее выдающимися западноевропейскими медицинскими школами… чтобы для такого выдающегося учебно-образовательного центра навсегда была отведена та скромная роль, которая была определена «Временным положением».
В интересах русской науки вообще и развития отечественной медицины в частности следовало надеяться, что академия с честью выйдет из того тяжелого положения, в которое она поставлена… стечением обстоятельств, и по устранению последних снова будет призвана к ее прежней почетной роли, которая для нее сложилась исторически: быть рассадником медицинских знаний в империи».
Бехтерева, однако, реформа академии затронула мало. Он и так уже три года носил форму военного врача, в клинике же душевных болезней, где он тогда работал, все в обновном оставалось по-прежнему, если не считать того, что всем сотрудникам пришлось облачиться в форменные мундиры. Однако 1881 год и в биографии Бехтерева оказался знаменательным: 4 апреля молодой ученый на заседании Конференции академии успешно защитил диссертацию на степень доктора медицины.
Целью диссертационной работы, как писал Бехтерев, было желание «проследить отношение между явлениями психической жизни больных и состоянием их температуры тела в связи с другими явлениями, замечаемыми со стороны физической сферы…». В процессе исследования было изучено 60 больных с различными формами психопатологии. При этом обращалось внимание на колебания температуры тела больных в разные периоды болезни, выявлялись температурные и другие вегетативные асимметрии. В процессе работы температура тела больных измерялась с высокой степенью точности (до 0,05 градуса).
Параллельно в эксперименте изучались изменения температуры тела у собак, которым через трепанационное отверстие в черепе наносилось раздражение различных зон коры больших полушарий.
Проведенные исследования позволили Бехтереву высказать следующие положения: 1. В коре мозга «существуют области, которые, будучи связаны с сосудодвигательной системой, имеют влияние как на образование тепла в теле, так и на потерю его с поверхности, и, следовательно, на регуляцию тепла в организме… 2. Эти термически действующие области в мозгу человека, так же как и у животных, помещаются в соседстве с психомоторными центрами». Рассматривая психические болезни как несомненное следствие расстройства функций мозга, Бехтерев ожидал, что при них могут быть объективные признаки, указывающие на возникающие в связи с поражением мозга изменения состояния различных органов и тканей. Своей диссертационной работой он подтвердил это положение, укрепив таким образом позиции сторонников материалистической основы психических болезней. В выводах диссертации Бехтерев писал и о том, что исследование температуры тела у душевных больных может иметь и определенное диагностическое значение. При этом он указывал наиболее характерные изменения температуры тела при определенных формах психопатологии.