В ходе собственных и совместных с Миславским опытов Бехтерев немало сделал для развития идей нервизма, продемонстрировав связи отдельных зон коры с определенными внутренними органами и тканями и подтверждая таким образом влияние коры больших полушарий на вегетативные функции, а также функциональную специализацию отдельных территорий коры. При этом было установлено расположение в коре полушарий собак корковых областей, от функции которых зависят слезоотделение и зрачковые реакции, перистальтика желудка и кишечника, деятельность поджелудочной железы, печени, почек, состояние мочевого пузыря, работа сердца, состояние артериального давления и пр.
Бехтерев утверждал, что отдельные зоны коры выполняют определенные функции, но он не был «узким» ло-кализационистом. Уже в 1887 году в статье «Физиология двигательной области мозговой коры» он писал: «…я вовсе не причисляю себя к числу авторов, которые смотрят на кору как на мозаику, состоящую из отдельных кусков различной окраски. Кора мозга, быть может, и уподобляется карте, разрисованной различными красками по отдельным участкам, но так, что соседние краски, понятно, смешиваются между собой, и при этом, может быть, на этой карте не существует ни одного участка, покрытого одним цветом, а не смешанного из множества красок». Эта мысль Бехтерева позже нашла развитие в учении И. П. Павлова о проекционных и ассоциативных полях коры больших полушарий.
Морфологические и физиологические исследования, проводимые Бехтеревым в лабораториях Казанского университета, легли в основу большого числа его публикаций и продолжались в последующие годы в Военно-медицинской академии.
В 1885 году состоялся I съезд Общества русских врачей имени Пирогова, который положил начало профессиональному общению врачей в масштабе Российского государства. С этого года стали кооперироваться и врачи отдельных профессий и, в частности, психиатры. В январе 1887 года в Москве в течение восьми дней проходил I съезд отечественных психиатров. В нем принимали участие почти все отечественные психиатры и невропатологи и в том числе А. Я. Кожевников, С. С. Корсаков, В. X. Кандинский, А. И. Рот, Л. Ф. Рагозин. Председателем съезда был избран учитель Бехтерева И. П. Мержеевский. И. М. Балинский приехать на съезд не смог из-за болезни. Бехтерев собирался в нем участвовать, однако выехать из Казани ему не удалось по семейным обстоятельствам. В адрес съезда им была направлена телеграмма с пожеланием «полного успеха его делам».
Психиатрия в то время находилась в стадии становления, и в связи с этим на съезде рассматривались прежде всего организационные вопросы и обсуждалась классификация психических заболеваний, разработанная В. X. Кандинским. Тематика съезда Бехтерева весьма интересовала, он тщательно изучал его материалы.
Впоследствии Бехтерев сделал и самостоятельную попытку к созданию оптимальной классификации психических болезней. При этом к разделению их по клиническим признакам он отнесся очень осторожно и в связи с этим писал: «Сами по себе психические расстройства или симптомы в виде психического возбуждения, угнетения и безразличия, в виде нарушения в закреплении и оживлении следов, в виде расстройств сочетательной деятельности, ненормальных влечений и т. п. еще не говорят о сущности данного заболевания, как и другие симптоматические состояния из области внутренних болезней, например, водянка, желтуха, кашель и т. п., не говорят нам о сущности, того болезненного процесса, который лежит в их основе. Поэтому в симптоматическом отношении в известные периоды внешнее сходство имеют совершенно различные душевные болезни…» Наиболее целесообразной Бехтереву представлялась их классификация, основанная на представлениях об обусловливающих их развитие причинах.
Бехтерев считал, что «только наблюдение всей совокупности симптомов как психических, так и физических, та или другая смесь этих симптомов, их сочетание и течение, а равно и исследование всего организма с физической стороны и, между прочим, в отношении его наследственного и, в частности, семейного расположения, в отношении возраста и телесного и умственного развития, в отношении присутствующих в организме отклонений или его индивидуальных особенностей, в отношении ранее перенесенных физических и психических болезней, а также бывших ранее излишеств того или иного рода или иных отягчающих моментов, дают тот материал, при сопоставлении которого мы получаем возможность правильно оценить данное психическое заболевание».