26 сентября 1893 года статский советник ординарный профессор Бехтерев был назначен начальником кафедры душевных и нервных болезней Военно-медицинской академии и директором клиники душевных болезней Клинического военного госпиталя, на базе которой располагалась кафедра. Он возвращался в ту самую клинику, которую покинул, уезжая девять лет назад в заграничную командировку. Но уезжал он отсюда младшим врачом, а возвращался директором.
Теперь ему 36. За проведенные вне Петербурга годы он стал маститым профессором, в чинах вырос и теперь в академии должен носить мундир с двумя просветами на погонах
[4]… Но главное — прошедшие годы были прожиты им в трудах и борении, и сам он стал более мудрым. Новое служебное положение открывало перед ним большие возможности. И Бехтерев воспользуется этим сполна.Изменился за минувшие девять лет Бехтерев, но изменилась и клиника; она размещалась теперь в новом, лишь год назад построенном здании. И нетрудно понять досаду уходившего в отставку «за выслугой лет» Мержеевского, который так много сил вложил в создание этого великолепного, просторного помещения, создающего куда лучшие условия для больных и для занятий лечебной, преподавательской и научной работы.
Мечту о новой клинике Мержеевский вынашивал давно. В 1885 году он подал начальнику академии пространный рапорт о насущной необходимости строительства клиники душевных болезней. В старом помещении было тесно. Печное отопление создавало опасность пожара. Отсутствовала вентиляция. В таких условиях больным приходилось тяжко, да и сотрудникам нелегко. А между тем в задачу клиники и кафедры входило выполнение роли научно-методического центра для обучения не только студентов, но и прикомандированных врачей. В связи с этим, как мыслил Мержеевский, клиника должна стать эталоном, по образу и подобию которого со временем следовало бы преобразовать всю психиатрическую службу. Ему удалось убедить в этом начальника академии Быкова и военного министра Ванновского. Проектирование клиники поручили видному военному инженеру генерал-майору Войницкому. Тогда же была создана комиссия по строительству клиники во главе с находившимся в отставке профессором Балинским. Помощь Балинского и Мержеевского позволила инженеру быстро завершить проект. Уже 16 декабря 1886 года его утвердил царь. Под строительство выделили четыре с половиной десятины земли — здесь же на Выборгской стороне между улицами Нижегородской (теперь Лебедева), Нюстадтской (теперь Лесной) и Самарской (теперь Боткинской). 24 мая 1887 года состоялась закладка здания клиники, а 24 июля 1892 года происходило официальное ее открытие. Клиника была рассчитана на пребывание в ней ста душевнобольных и состояла из главного трехэтажного здания и восьми двухэтажных павильонов, позволявших удобно разместить больных, соблюдая принцип их разделения по характеру недуга. В новом здании располагались также особые помещения для лабораторий и проведения учебных занятий. Особую гордость строителей составлял лекционный зал на 250 человек, в котором места для слушателей располагались амфитеатром. Для больных в клинике имелись спальные комнаты и отдельно — комнаты для дневного пребывания, а также для свидания с родственниками. Непривычными новинками оказывались читальня, бильярдная, гимнастический зал, зимний сад и хорошо оснащенные процедурные и физиотерапевтический кабинет.
Чтобы помещения для больных не походили на места заключения, проектировщики отказались от установки на окнах традиционных решеток. В палатах для беспокойных больных окна застеклили отличающимся исключительной прочностью корабельным стеклом. Отопление обеспечивалось водяными калориферами. Вентиляционные установки давали возможность подачи во все помещения свежего, при необходимости подогретого воздуха. Связь между отдельными службами клиники осуществлялась с помощью внутреннего телефона. Все это в ту нору являлось техническими новинками и позволяло говорить, что клиника оснащена буквально по последнему слову техники.
Успеху строительства клиники душевных болезней во многом содействовал профессор Виктор Васильевич Пашутин, ставший с 1890 года начальником Военно-медицинской академии. Родом он был из Новочеркасска. Учился в духовной семинарии, экзамены за курс гимназии сдал экстерном и в 1863 году поступил в академию, тогда еще Медико-хирургическую. На третьем курсе Пашутин увлекся физиологией, которую тогда преподавал И. М. Сеченов.