Накопленный Бехтеревым в 90-х годах клинический опыт дал ему возможность издать в 1899 году второй том книги «Нервные болезни в отдельных наблюдениях», а через год — первый том книги «Неврологические и психиатрические наблюдения». В этих сочинениях Бехтерев продолжил разработку семиотики нервных и душевных болезней и описал, в частности, извращения зрачковых реакций, произвольное расширение зрачков, некоторые болезни нервно-мышечной системы, различные формы навязчивых страхов, изменения артериального давления, сердечного, дыхательного ритмов при поражении у человека определенных территорий коры больших полушарий мозга, редкие варианты эпилепсии, острых нарушений мозгового кровообращения, одеревенелости позвоночника (болезни Бехтерева). Там же содержатся клинические наблюдения сочетания своеобразных насильственных движений с периодически возникающими эпилептическими припадками — это сочетание симптомов Бехтерев назвал хореической падучей. Описание многих патологических состояний сопровождалось объяснением обусловивших их причин. Происхождение некоторых форм патологии Бехтерев объяснял нарушениями биохимических процессов в тканях. Много внимания он уделял рефлекторным механизмам некоторых болезненных явлений.
В своей врачебной практике Бехтерев стремился к комплексному применению лечебных мероприятий. При этом он отказался от еще применяющихся тогда «истощающих» методов воздействия на душевнобольных — рвотных, слабительных средств, клистиров и т. п. и отдавал предпочтение методам лечения, укрепляющим организм. В клинике душевных и нервных болезней широко применялись успокаивающие и тонизирующие лекарства, а также в необходимых по показаниям случаях — противовоспалительные, противоотечные и другие препараты, и такие процедуры, как электролечение, светолечение, механотерапия, массаж, гимнастика. При лечении некоторых болезней позвоночника проводилось его вытяжение. С каждым годом расширялся круг болезни нервной системы, при которых помощь больным оказывалась хирургическими методами — пункции, блокады, операции на периферических нервах, спинном и головном мозге.
В 1895–1896 годах в печати развернулась дискуссия
В процессе лечения Бехтерев большое внимание уделял различным методам внушения. Наиболее рациональным он признавал внушение на фоне гипноза, которым владел в совершенстве еще со времен пребывания в Сальпетриере, в клинике Шарко.