Девяностые годы характеризовались промышленным подъемом, ростом в связи с этим количества рабочих и крепнущим с каждым годом их классовым самосознанием. Осенью 1895 года в Петербурге состоялась грандиозная стачка на фабрике Торнтона, а через год стачечной борьбой было охвачено 19 текстильных фабрик, на которых трудилось 30 тысяч рабочих. Это событие В. И. Ленин назвал «знаменитой петербургской промышленной войной». Требования рабочих властями игнорировались, в рабочие кварталы были введены жандармы и казаки. Много их разместилось вблизи Военно-медицинской академии на Выборгской стороне. В мае 1901 года бастующие рабочие Обуховского сталелитейного завода оказали сопротивление атаковавшим их конным полицейским. Завязалась борьба. Рабочие строили баррикады, отбивались от нападающих булыжниками. «Уличная борьба возможна, — писал после этого события, вошедшего в историю как Обуховская оборона, В. И. Ленин, — безнадежно не положение борцов, а положение правительства, если ему придется иметь дело с населением не одного только завода». 1902 год ознаменовался массовой стачкой в Ростове-на-Дону. Еще более грандиозный размах приняло стачечное движение в 1903 году, когда только на юге России бастовало 430 тысяч рабочих. Стачечное движение, приобретая все более выраженную политическую направленность, продолжало развиваться.
Недовольство политикой правительства высказывалось и либеральной интеллигенцией. Так, на VI Пироговском съезде было выдвинуто требование об отмене телесных наказаний для крестьян. На VII съезде, состоявшемся в 1899 году в Казани, был образован особый врачебно-продовольственный комитет для оказания помощи голодающим и изучения причин голода, запрещенный правительством через два года.
8 февраля 1899 года в день юбилея Петербургского университета у Румянцевского сквера на набережной Васильевского острова конные полицейские атаковали и избили нагайками группу студентов. Четыре дня спустя в знак протеста была объявлена первая в истории студенческого движения всеобщая забастовка, проходившая под руководством выборного организационного комитета. В ней приняли участие 25 тысяч студентов 30 высших учебных заведений. В их числе оказались и слушатели Военно-медицинской академии.
По требованию министра внутренних дел Горемыкина и министра народного просвещения Боголепова по отношению к бастующим были приняты жестокие репрессивные меры: аресты, высылка из университетских городов и т. п. 26 июля 1899 года царь утвердил «Временные правила», которые «за учинение скопом беспорядков» угрожали студентам исключением и отдачей «в распоряжение военного начальства». В соответствии с этими «Правилами» осенью того же года были отданы в солдаты 183 студента Киевского университета. Вслед за этим антиправительственные выступления студентов вспыхнули в Харькове, Москве, Петербурге… 14 февраля 1901 года студентом Карповичем был смертельно ранен министр просвещения Боголепов. Его сменил генерал Ванновский.
4 марта 1901 года по призыву Организационного студенческого комитета на площади у Казанского собора состоялась демонстрация «для публичного заявления протеста против «Временных правил». В ней участвовало несколько тысяч студентов, а также представители многих «интеллигентных» профессий. Демонстрантов окружили казаки и конная полиция. В ход пошли нагайки, многих арестовали. Среди пострадавших оказались известные общественные деятели того времени — П. Б. Струве, М. И. Туган-Барановский. Н. Ф. Аннинский и ряд других. Пытавшийся вмешаться в действия полиции член Государственного совета князь Вяземский впоследствии получил «высочайший выговор». Событиями на Казанской площади возмущалась вся демократически настроенная общественность. Правительство пыталось новыми репрессиями навести «порядок». Был закрыт, в частности, защищавший права студентов «Союз взаимопомощи русских писателей». Однако возмущение общественности росло. И тогда, демонстрируя желание смягчить ситуацию, Ванновский издал «Временные правила студенческих организаций», по которым студентам разрешались сходки, но лишь по согласованию с правлением университета и под председательством назначаемых этим правлением лиц. Новые «Правила» большинство студентов восприняло как оскорбительные.