Митрополит Серафим старался смягчить удары, обрушившиеся на чешское духовенство его епархии Во многих его проповедях и посланиях военных лет содержатся призывы к прекращению человеконенавистнических отношений, кровопролития и мировой войны Репрессии, подобные тем, что были в протекторате, на православных священников в Германии не обрушились, и в этом заключалась немалая заслуга митрополита, умевшего нейтрализовать враждебные акции нацистских ведомств Тем не менее руководство НСДАП систематически наносило Церкви ощутимые удары В частности, именно эта инстанция запретила открытие богословского института, не дала своего согласия на отпуск свечей для православных храмов В марте 1942 г гестапо своим запрещением сорвало подготовленное богослужение в Нюрнберге настоятеля мюнхенского прихода игумена Александра (Ловчего) В качестве одного из примеров ограничений можно привести ситуацию со священниками – беженцами из СССР Многие из них обращались с просьбами разрешить совершать богослужения в храмах епархии РПЦЗ Митрополит охотно позволял это и лишь просил таких священников подавать письменные прошения с краткой биографией и копиями документов, удостоверяющих каноничность рукоположения в священный сан Но 8 сентября 1944 г владыка был вынужден сообщить духовенству, что, согласно разъяснению РКМ, назначение беженцев сверх штата в храмы епархии может происходить исключительно с согласия германского правительства.
Совместная пастырская работа в трудных военных условиях весьма способствовала сглаживанию былых расхождений и преодолению противоречий Архимандрит Иоанн в своей книге отмечал: «Война смягчила атмосферу наших юрисдикционных расхождений Этому в значительной мере способствовали пастыри, прибывшие из России и Прибалтики... Огонь, падавший на нас, сжег солому юрисдикционных противоречий Митрополит Серафим также не обострял этих делений и делал что мог для их смягчения».
Число православных приходов на территории Германии росло удивительно быстро В конце 1941 г их насчитывалось пятнадцать, а затем за три года общее количество приходов и мест, где постоянно совершались богослужения, увеличилось более чем в пять раз Иногда, в редких случаях, местные власти даже передавали епархии церковные здания. Так, 20 июня 1941 г правительственный президент Потсдама заключил договор с митрополитом Серафимом о предоставлении ему для пользования здания много лет не действовавшей старинной русской церкви св Александра Невского в колонии Александровка 14 августа 1941 г состоялся официальный акт передачи храма приходу в Берлине В дальнейшем была образована церковная община и назначен постоянный священник – православный немец Павел Гекк Другой подобный случай произошел в Вене, где рейхсштаттдгальтер после многочисленных просьб передал православной общине здание бывшей русской посольской церкви Формальная передача храма состоялась 15 мая 1943 г, и уже 23 мая владыка Серафим освятил его В это же время, 24 марта 1943 г Баварское министерство просвещения и церковных дел отправило письмо с предложением «русскому священству в Мюнхене» взять на себя обслуживание греческой церкви в этом городе. Храм был закрыт в 1941 г. после нападения Германии на Грецию Церковь с согласия греческой колонии была в апреле передана русскому приходу, чтобы в ней совершались богослужения для всех православных жителей города.
Гораздо большее количество новых церквей и молитвенных помещений возникало стараниями быстро растущего русского населения Первоначально речь могла идти только о тех германских городах, где работали переселившиеся из Франции русские эмигранты. В газете «Новое слово» от 7 декабря 1941 г. сообщалось, что назначенный в Ганновер священник Аркадий Моисеев, после того как весной 1941 г провел в этом городе первую пасхальную службу, снова продолжает богослужения в специальном бараке сталелитейного завода Действительно, дирекция этого предприятия предоставила помещение для проведения богослужений, и в январе 1942 г в Ганновере был образован самостоятельный приход 10 апреля 1942 г в Людвигсхафене состоялось собрание русских эмигрантов, работавших на местной фабрике, которое постановило образовать приход и избрало церковный совет 5 августа митрополит сообщил об этом в РКМ, прося соответствующего разрешения, которое последовало 12 сентября В этом приходе собиралось до 600 человек, в устроенном и освященном храме на Кайзер-Вильгельм-штрассе проводились регулярные богослужения В сентябре – октябре 1942 г был устроен приход Грауденцской церкви. К апрелю 1943 г организовались православные общины в Мангейме и Христианштадте Много временных церквей создавалось в лагерях восточных рабочих.