С открытием навигации начал действовать и флот. Со всех портов удалось набрать девять линейных кораблей, семь фрегатов, двадцать пять бомбардирских и множество мелких судов — канонерок, плавучих батарей, иол, гребных галер. Два отряда капитанов Мякина и Селиванова, составленные из взятых в Свеаборге трофейных судов, успели пройти шхерами к Або, заняли фарватеры, ведущие к этому городу из аландских и ботнических шхер. Однако через некоторое время шведы, собравшись с силами, начали теснить их. Шведская флотилия адмирала Гиельмстерна атаковала отряд Мякина. На усиление флотилии подошло ещё одно соединение флота, в котором находился сам король Густав IV. Мякин отступил к отряду Селиванова. После двух неудачных атак Гиельмстерн ограничился блокадой фарватеров, ведущих к Або, а главные силы он направил на перехват русских судов, следовавших к финляндской столице. Следовавший на помощь отряд графа Гейдена из двух фрегатов и четырёх корветов не стал ввязываться в сражение с многочисленным противником, а решил обойти узким проливом, отделяющим остров Кимито от материка. Пролив этот, в одном месте ещё при Петре I заваленный камнями, был непроходим для фрегатов. Но Гейдену через два дня трудной работы удалось очистить проход и провести корабли на глубокий фарватер. Встреченная здесь шведскими канонерками флотилия вступила в бой и отогнала шведов к главным силам. В этом славном деле Гейдена ранило, его сменил капитан-лейтенант Додт.
Теперь оставалось очистить от неприятеля Юнгфрузулунд. Узкий пролив возле него стерегли два шведских линейных корабля и два фрегата. Здесь прославился капитан-лейтенант Новокшенов. В бою он использовал всего три канонерки и три иолы, оставив в резерве остальные суда. Он подошёл к неприятельским кораблям так близко, что картечь и ядра перелетали через наши судёнышки, не причиняя им вреда, а русские брандкугели наносили шведам большой урон, сжигая паруса, обрывая снасти и такелаж, вызывая пожары.
Однако оставленные в резерве гемамы и бриги во время боя были внезапно атакованы неприятельскими канонерскими лодками и баркасами с десантом. Шведы напали так быстро и действовали с такой решимостью, что нашим кораблям не удалось уйти от абордажа. Отбиваясь с отчаянной храбростью и перейдя от картечного и ружейного огня к рукопашной, русские уже начали изнемогать в неравной схватке. Самый жестокий бой разгорелся на гемаме «Сторбиорн». На нём погибли почти все офицеры и восемьдесят матросов. Сто человек было ранено. Шведы взяли его на буксир и хотели оттащить в свои порядки. В это время Новокшенов, уже слышавший пальбу в начале сражения, поспешил на помощь. Он отбил пленённый гемам, потопил три канонерки и два баркаса с людьми. Остальные нападавшие спаслись благодаря туману и наступившей ночи.
В конце концов шведы ушли из Юнгфрузулунда, открыв проход для наших судов в Або.
У главных же сил Балтийского флота дела складывались не столь успешно. Шведы и англичане, имея более полусотни боевых кораблей, блокировали Зунд, берега Дании, Пруссии, Померании и Рижский порт. Ударная эскадра Петра Ивановича Ханыкова имела всего девять линейных кораблей и одиннадцать фрегатов. А приказ предписывал почти невозможное: «...стараться перебить шведские морские силы или овладеть ими прежде соединения с англичанами; очистить финляндские шхеры от неприятельских судов и содействовать сухопутным войскам недопущением высадки неприятельского десанта». Как его выполнить, если на один русский вымпел противник выставлял два, а в линейных кораблях он превосходил втрое?!
Неподалёку от Гангута всё же удалось захватить пять шведских транспортов и бриг с канонеркой конвоя. Фаддея Беллинсгаузена особо заинтересовала канонерка — чрезвычайно подвижная, лёгкая, остойчивая. Рангоутное снаряжение состояло из двух съёмных мачт с четырёхугольными люгерными парусами, палубой, тремя на носу и корме. От пленного флаг-офицера он узнал, что сконструировал канонерку известный шведский кораблестроитель Чампан, задавшись целью заменить такими судами устаревшие галеры.
От Гангута эскадра направилась к Юнгфрузулунду. И тут уже под вечер показался весь шведский флот и несколько английских кораблей, успевших соединиться со своими союзниками. Силы оказались совершенно неравными. К тому же дул хотя и несильный, но неблагоприятный для российской эскадры ветер. Ещё больше встревожило Ханыкова то обстоятельство, что сражение придётся вести в открытом море вдали от своих гаваней. Да и был Пётр Иванович слишком многоопытен, чтобы опрометчиво бросаться в явно безнадёжную схватку, чреватую гибелью всей эскадры. Несмотря на то что командиры помоложе и безусые мичманы рвались в бой, матросы переодевались в чистые рубахи, готовясь принять смерть по-христиански, Ханыков велел поднять флаг отхода, не вступая в столкновение. Некоторое время эскадра шла прежним курсом под косыми парусами, как бы недоумевая, не веря глазам своим.
— Ах ты, Пётр Иванович, пошто слабину дал? — запричитал Силин.