Ненадолго подъесаул Краснов вновь принимает должность полкового адъютанта, но начавшаяся в 1904 году война с Японией срывает его с безопасной должности. Не дождавшись рассмотрения своего прошения об откомандировании в Действующую Армию, Краснов едет туда все от того же «Инвалида». Простой корреспондент — это не для него, и, приписанный к Штабу Забайкальской казачьей дивизии, он водит казаков в бои - ордена Святой Анны IV-й степени с надписью «За храбрость», Святого Владимира IV-й степени с мечами и бантом, мечи (указание на боевые заслуги) к ранее полученному ордену Святого Станислава III-й степени подтверждают это. Опыт боев и замеченные достоинства и недостатки русских войск находят свое отражение в двухтомнике «Год войны» и многочисленных статьях.
В 1906 же году П. Н. Краснов принимает в командование 3-ю сотню родного Лейб-Гвардии Атаманского полка. Вспоминая позднее о том периоде службы, Петр Николаевич писал:
«Я был очень близок с казаками. В молодые годы, младшим офицером, я жил с казаками одной жизнью, ночевал в полевых поездках и на маневрах в одной хате, в поле, на сеновале, сутками был с ними и много с ними говорил, — говорил откровенно, по душе, не как начальник, а как старший брат с младшим.
Я знал родителей многих казаков, говорил с ними.
Я никогда не слыхал ропота, жалоб на разорение, на тяжесть службы.
Молча, в величайшем сознании своего долга перед Родиной, несли казаки свои тяготы по снаряжению на службу и гордились своим казачьим именем.
В них было прирожденное чувство долга».
В 1907 году Петр Николаевич откомандировывается в Офицерскую Кавалерийскую Школу. Интересно, что казак Краснов оканчивает кавалерийский, а не считавшийся более легким казачий отдел Школы: досконально ознакомившийся с тонкостями казачьей службы, подъесаул счел своим долгом постичь особенности регулярной кавалерии, дабы иметь возможность сравнения. В том же году он наконец-то производится «за выслугу лет» в чин есаула, со старшинством аж с 10 августа 1901-го.
По окончании курса Школы есаул Петр Краснов зачисляется в ее постоянный состав, вскоре становится сначала исполняющим должность помощника по строевой части начальника казачьего отдела, а затем - и исполняющим должность начальника отдела. После командировок с проверкой учебных сборов казаков Оренбургского, Донского, Терского и Уральского Войск он утверждается в должности начальника казачьего отдела Школы. В его аттестации записано: