К концу мая 1918 года, когда по Транссибирской магистрали началось повсеместное выступление чехословацких частей, генерал Дитерихс находился уже во Владивостоке. Там он возглавлял «Владивостокскую группу Чехо-войск», составлявшую до 14 000 человек. Эта группа первой прибыла во Владивосток и теперь ожидала транспортов для отправки на Западный фронт. Она находилась в совершенно ином положении, нежели остальные войска, задержанные местными Советами в Поволжье, на Урале и в Сибири. Здесь на рейде стояли корабли Антанты; ещё 5 апреля Япония, под предлогом защиты интересов своих подданных, высадила в порту небольшой десант. Большевицкий Совет во Владивостоке продолжал функционировать, но должен был действовать с постоянной оглядкой на союзников, и в городе сохранялось положение неустойчивого равновесия. Всей полнотой власти над чешскими войсками обладала «Владивостокская коллегия» из находившихся в городе представителей Отделения Чешско-Словацкого Национального Совета в России. Михаилу Константиновичу в этих обстоятельствах не оставалось ничего другого, как только проявлять лояльность по отношению к чешскому политическому руководству и представителям союзников.
Когда до Владивостока докатились вести, что по всей магистрали развернулись боевые действия между чехами и большевиками, члены «Владивостокской коллегии» отнеслись к этому крайне неодобрительно и предложили своё посредничество в улаживании конфликта. Соответственно, и сосредоточенные во Владивостоке легионеры в общем выступлении поначалу никакого участия не принимали. Дело дошло до того, что 16 июня 1918 года, когда по всей Сибири уже три недели шли ожесточённые бои, руководители Владивостокской группы послали капитану Гайде, сражавшемуся под Мариинском, следующую телеграмму:
Гайда воспринял эту телеграмму как измену общему делу, и его твёрдая позиция в конце концов подействовала отрезвляюще на Владивостокскую коллегию. Между тем члены местного Совета, пользуясь бездействием чешских войск, активно вывозили оружие и боеприпасы со складов Владивостокской крепости. Повели большевики и агитацию в рядах самих чешских полков, призывая их покидать свои части и вступать в Красную Гвардию (к концу июня перебежчиков набралось уже 200 человек, и из них был сформирован батальон). Всё это вместе привело к тому, что, когда 26 июня в город прибыл курьер от Гайды с приказом немедленно выступать ему навстречу, «Владивостокская коллегия» после консультации с союзными консулами решила подчиниться этому приказу. Руки у Дитерихса были, наконец, развязаны.
29 июня 1918 года генерал направил Владивостокскому Совету Рабочих и Солдатских Депутатов ультиматум о разоружении в течение часа всех красных войск в городе. Одновременно с объявлением ультиматума Владивосток был окружён чешскими войсками, и когда срок ультиматума истёк, они арестовали Совет, почти не встречая сопротивления, разоружили местный гарнизон в 1 200 человек и взяли под свой контроль склады крепости. Выступление во Владивостоке совпало с общим переломом в настроениях союзников. 29 июня союзные крейсера на рейде активно содействовали чехам, задержав и разоружив красные миноносцы. Японцы начали высадку крупных сухопутных сил, вскоре к ним присоединились англичане, французы и американцы.