В Японию вместе с Колчаком отправилась и Анна Васильевна Тимирева. Ранее она приезжала к Колчаку в Харбин, решила было вернуться к мужу во Владивосток, но, не выдержав долгой разлуки с любимым человеком, приняла решение последовать за ним.
Колчак и Тимирева жили в Иокогаме, часто бывая в небольшом курортном местечке Атами, расположенном к юго-западу от города на берегу залива Сагами. Адмирал с большим вниманием следил за развитием событий в России, где полным ходом развивалась активная антибольшевицкая борьба (на Юге сражалась Добровольческая Армия, на Востоке развернулось выступление Чехо-Словацкого корпуса и местных офицерских организаций, на Волге создавалась Народная Армия). Колчак размышлял, где именно он мог бы принести наибольшую пользу Родине, и важную роль для него сыграла встреча с английским генералом А. Ноксом, возглавлявшим «Русский отдел» британского военного министерства. Нокс сообщил адмиралу, что Англия готова оказать помощь в воссоздании русской армии в Сибири, Колчак же, в свою очередь, составил для Нокса подробный доклад, в котором описывал политическую и военную ситуацию на Востоке России. После этого английский генерал написал в одном из докладов в Лондон: «…нет никакого сомнения в том, что он (Колчак. –
В середине сентября Колчак отправился во Владивосток в компании генерала Нокса и французского посла Реньо. Первоначально Александр Васильевич надеялся пробраться на Юг России, к генералу Алексееву, а также попытаться найти свою семью, остававшуюся в Севастополе.
К сентябрю территория Сибири полностью находилась под контролем чехословацких и белогвардейских формирований, а на Дальнем Востоке присутствовали и части союзных России держав. Большевики расформировали свои войска и перешли к партизанским формам борьбы. Во Владивостоке в этот момент существовало два правительства, претендующих на верховную власть, – «Временное Правительство Автономной Сибири» Лаврова и Дербера и «Деловой кабинет» Хорвата. Но их репутация как среди русских, так и среди союзников была крайне невысока.
Военные и деловые круги Сибири и Дальнего Востока возлагали все больше надежд на существовавшее в Омске Временное Сибирское Правительство, считавшее себя верховной властью в Сибири с июня 1918 года. В состав его входили как эсеры, так и представители конституционно-демократических и даже умеренно-монархических кругов. Председателем правительства был П. В. Вологодский, бывший член Государственной Думы, адвокат по профессии, не имевший определенной политической принадлежности. В сентябре в Уфе открылось Государственное совещание, ставившее своей целью создание временной общероссийской власти, однако Вологодский отправился не туда, а во Владивосток, так как считал гораздо более важным добиться поддержки союзников и распространить власть «своего» правительства и на дальневосточные территории. Ему удалось достичь взаимопонимания с Колчаком, Атаманом Семеновым и офицерским корпусом Сибирской и Амурской флотилий. Подчинились Сибирскому Правительству и дальневосточные правительства.
Тогда же Колчак встретился и с одним из видных командиров чешских войск – Р. Гайдой, который сообщил ему, что вся Транссибирская магистраль очищена от большевиков и чехи готовы к продолжению борьбы с большевиками. Охарактеризовав общую обстановку в Сибири, Гайда заявил, что считает наилучшей формой государственного управления военную диктатуру. Колчак же ответил чеху, что диктатура невозможна без наличия мощных вооруженных сил.
3 октября, при содействии офицеров чешского штаба, Колчак отправился в Омск, надеясь затем перебраться на Юг России. 14 октября адмирал вместе с сопровождающими его морскими офицерами прибыл в сибирскую столицу, где нанес визиты представителям новой «всероссийской власти» – Директории: встретился с Главнокомандующим ее войсками генералом В. Г. Болдыревым, пробравшимся с Юга через Москву и Саратов Генерального Штаба полковником Д. А. Лебедевым, членами Директории Авксентьевым, Зензиновым (оба – правые эсеры) и Виноградовым (кадет). С Болдыревым Колчак встречался два раза, причем во второй раз генерал предложил ему принять пост военного и морского министра. Колчак первоначально отказался, но Болдырев настоял на своем, согласившись принять условия Колчака: освобождение от должности в случае, если она не устроит адмирала, и разрешение объехать войска на фронте для выяснения их нужд. Через несколько дней состоялась еще одна встреча Болдырева и Колчака, на которой присутствовал и генерал Нокс. На встрече обсуждались основные вопросы военного строительства на территории Сибири.