Провал одного из штабов вынудил большевицких руководителей отложить восстание, намеченное на 2 часа ночи 22 декабря. Но не предупрежденные об этом вовремя из-за плохой связи штабы других районов дали команду на выступление своих отрядов. В 1-м районе рабочие и солдаты 20-го полка захватили тюрьму и освободили около двухсот заключенных, вооруженные рабочие 3-го района разоружили до четырехсот солдат, пригород Омска – Куломзино (4-й район) – полностью перешел в руки восставших.
За Куломзино всю ночь шел бой, была прервана телеграфно-телефонная связь с фронтом, у мятежников обнаружились пулеметы. Лишь вечером с помощью артиллерии сопротивление повстанцев там было подавлено.
Верховный Правитель тут же повелел подготовить приказ: всех принимавших участие в беспорядках или причастных к ним лиц предать военно-полевому суду, а всем освобожденным арестованным добровольно явиться к караульному начальнику областной тюрьмы, коменданту города или в милицию. Большинство, в том числе почти все арестованные эсеры, действительно вернулись в тюремные камеры. Наиболее активные мятежники были расстреляны, остальные подверглись тюремному заключению. Общее число жертв этого восстания по одним данным превышало 1 000, по другим – доходило до 2 000 человек. Со стороны правительственных войск потери не превышали 20–25 солдат и офицеров; среди них оказалось 3 или 4 чеха.
Поздно вечером того же дня Колчак получил от Вологодского записку, в которой сообщалось о предании военно-полевому суду членов Учредительного Собрания, не имевших никакого отношения к восстанию, если не считать их временной отлучки из открытой мятежниками тюрьмы. Адмирал тут же дал по телефону распоряжение начальнику гарнизона, чтобы этих людей под суд не отдавать.
Утром выяснилось, что шестнадцать «учредиловцев», половину из которых составляли социалисты, все же ночью были расстреляны. Двоих из них, эсера Девятова и меньшевика Кириенко, присоединили к сорока четырем подлежащим военно-полевому суду большевикам, и всех ликвидировал сопровождавший их офицерский конвой. Офицеры – участники расстрела – были преданы суду, но часть их была по суду оправдана, часть же понесла наказание условно.
Впоследствии адмиралу очень активно вменяли в вину этот эпизод члены Чрезвычайной Следственной Комиссии при эсеро-меньшевицком Иркутском Политцентре, тем более что один из них – К. Попов – едва не оказался в числе расстрелянных. Колчак вполне резонно отвечал, что данное дело не входило в его личную компетенцию: «Это дело следствия, а я сам не давал каких-либо распоряжений по этому поводу. Каким образом я мог приказать следователю арестовать то или иное лицо?» Запрещал Колчак и телесные наказания, но, несмотря на это, следствие в Иркутске стремилось обвинить его во множестве конкретных, возможно даже реальных правонарушений, к которым лично Верховный Правитель отношения не имел.
Вслед за омским восстанием 26 декабря выступили канские рабочие и присоединившиеся к ним четыре роты солдат. Они захватили управления военного начальника и полиции Канска, почту, вокзал и склад с оружием, разоружили железнодорожную охрану. 27 декабря железнодорожники захватили станцию Иланскую к востоку от Красноярска и разоружили роту, посланную на подавление мятежа. 6 февраля рабочие Енисейска и местные солдаты заняли правительственные учреждения, арестовав чиновников города, прервали работу почты и телеграфа, освободили из тюрьмы политических заключенных. Потерпев поражение, канские, иланские и енисейские повстанцы ушли в тайгу, к партизанам (активное партизанское движение в крае началось еще в ноябре 1918 года). По словам одного из белых офицеров, «вся Енисейская губерния и часть Иркутской буквально горели в огне партизанщины». Местами наиболее активного партизанского движения стала территория между реками Енисей и Кан, объявленная Степно-Баджейской партизанской республикой со своей «партизанской армией» под командованием А. Д. Кравченко и П. Е. Щетинкина, и окрестности села Тасеево – богатый хлебный район, связанный с рабочими золотых приисков енисейской тайги. Здесь была организована Тасеевская партизанская республика.
Уже в конце января 1919 года в Омске вновь была пресечена попытка вооруженного восстания. Все эти мятежи отвлекали войска с фронта, и зачастую для их подавления приходилось обращаться к иностранным подразделениям. Кроме того, карательные экспедиции (так назывались они и в официальных колчаковских документах) нередко действовали не только против партизан, но и против мирного населения, что лишь настраивало крестьян против власти Верховного Правителя и способствовало усилению влияния большевиков. Хотя необходимо отметить, что и партизаны действовали не только против войсковых соединений, а зачастую вели себя как разбойники, грабя и убивая мирных жителей, пуская под откос пассажирские поезда.