По самой распространенной версии, 7 февраля адмирал Александр Васильевич Колчак и Виктор Николаевич Пепеляев были убиты около устья реки Ушаковки при впадении ее в Ангару. Существуют, впрочем, и свидетельства в пользу того, что убийство было совершено либо в тюремных камерах, либо во дворе тюрьмы. Когда председатель следственной комиссии С. И. Чудновский, войдя в камеру Колчака, объявил ему «приговор» – постановление Иркутского Военно-Революционного Комитета, адмирал якобы не смог сдержать восклицания: «Как! Без суда?» Для него – цивилизованного человека – было непостижимо, как можно отправлять на смерть без какого-либо разбирательства и без доказательства вины. В бытность свою Верховным Правителем он сам старался не допускать ничего подобного и сурово наказывал виновных. Чудновский отказал Колчаку в последней просьбе – проститься с А. В. Тимиревой. На просьбу же передать супруге, которая уже находилась в Париже, что он благословляет своего сына, Чудновский ответил только: «Если не забуду – сообщим». Можно только представить себе, как звучало бы благословение, переданное палачом-чекистом…
Перед смертью Колчак вел себя мужественно, не позволил завязать себе глаза. Тела убитых были опущены в вырубленную во льду Ангары прорубь напротив Знаменского монастыря. 21 ноября 1999 года на месте гибели А. В. Колчака и В. Н. Пепеляева установлен памятный крест.
В наши дни среди местных краеведов возникла версия о том, что в апреле, после вскрытия льда на Ангаре, тело Колчака всплыло близ поселка Усть-Куда, где его нашел и похоронил местный крестьянин, и, хотя переоценивать ее правдоподобия нельзя, сейчас предполагается провести экспертизу останков с целью установить, действительно ли они принадлежат Александру Васильевичу.
Долгое время считалось, что вопрос об убийстве Колчака был в спешном порядке решен Иркутским Ревкомом, так как к Иркутску в тот момент приближались белые войска под командованием сменившего Каппеля генерала С. Н. Войцеховского. Но сегодня можно считать практически доказанным, что убит без суда Колчак был по распоряжению лично Ленина, который в записке заместителю Председателя Реввоенсовета Республики Э. М. Склянскому распорядился послать председателю Реввоенсовета 5-й армии И. Н. Смирнову шифровку следующего содержания: «Не распространяйте никаких вестей о Колчаке, не печатайте ровно ничего, а после занятия нами Иркутска пришлите строго официальную телеграмму, что местные власти до нашего прихода поступали так и так под влиянием угрозы Каппеля и опасности белогвардейских заговоров в Иркутске». Записка эта не имеет даты, однако сопоставление ее текста с текстами других документов и с биографической хроникой жизни Ленина позволило датировать ее двадцатыми числами января.
Подводя итоги жизни и деятельности Александра Васильевича Колчака, можно сказать, что для него всегда на первом месте находились интересы Отчизны. Так было и во время его полярных исследований, и в Порт-Артуре, и во время Великой войны. Принимая на себя верховную власть в 1918 году, адмирал вполне осознавал, сколь тяжел этот крест, и нес его до конца своей жизни. Закончить же рассказ об этом человеке лучше всего словами его друга и соратника М. И. Смирнова:
Генерал-лейтенант Е. К. Миллер
Евгений-Людвиг Карлович Миллер, один из самых талантливых генералов Императорской Армии, сыграл значительную роль в борьбе с большевизмом на Севере России. Родился он 25 сентября 1867 года в городе Динабурге (Двинске) Витебской губернии, в старинной дворянской семье, и на русской службе сохранившей лютеранское вероисповедание. Уже будучи в эмиграции, Миллер писал: «В доме моих родителей с детских лет я был воспитан как верующий христианин, в правилах уважения к человеческой личности, – безразлично, был ли человек в социальном отношении выше или ниже; чувство справедливости во взаимоотношениях с людьми, явное понимание различия между Добром и Злом, искренностью и обманом, правдой и ложью, человеколюбием и звериной жестокостью – вот те основы, которые внушались мне с детства». Это воспитание заложило основы его личности, определило судьбу и его выбор места в годы Смуты.