В связи с уходом союзных войск Миллер, воспользовавшись исключительными правами Главнокомандующего, принял энергичные меры к очищению Архангельска от большевицких элементов, выслав до 1 200 человек на Иоканьгу, изолированный остров на Мурмане. Эта мера произвела сильное впечатление на население города, убедившееся в твердости оставшейся власти. Для усиления боеспособности Архангельского гарнизона все, имевшие право носить оружие, были призваны в Национальное Ополчение, возросшее до 2 000 человек. Кроме того, из штабных офицеров и чиновников была сформирована особая офицерская рота. 27 сентября, в день ухода союзников, Миллер объявил своим приказом осадное положение, отменив его через неделю и выразив благодарность населению за порядок и дисциплину, «проявленные в критический момент существования Области».
Перед окончательным уходом союзников Миллер счел нужным попрощаться с Айронсайдом и рано утром 27 сентября прибыл к нему на яхту со своим адъютантом. Впоследствии английский генерал вспоминал: «Он беседовал со мной и адмиралом… минут двадцать, но все мы чувствовали некоторую неловкость и натянутость в разговоре. Миллер благодарил адмирала и меня за то, что мы сделали для России, просил передать слова признательности лорду Роулинсону и британскому правительству. Затем я благодарил его за то, что он сделал для обеспечения безопасности нашей эвакуации. Я говорил Миллеру, что никогда не забуду его верности Отечеству и любезности по отношению ко мне… Я желал ему удачи в предстоящей кампании. В ответ на это он кивал». Затем Миллер с адъютантом сошли на берег. Айронсайд надеялся, что генерал обернется для прощального приветствия, но «он ни разу не оглянулся, глядя прямо перед собой, и вскоре они скрылись между домами. Да, это был очень гордый и отважный человек».
Через некоторое время адмиральская яхта снялась с якоря и медленно пошла по Северной Двине, нагоняя ушедшие вперед суда с английскими войсками. Генерал Миллер и его войска остались в одиночестве. Начался новый период в истории Северной Области.
Решимость продолжать борьбу с большевиками не мешала Миллеру оценивать состояние Области как крайне опасное. «С уходом союзников для Области создается весьма тяжелое положение, – телеграфировал он русскому посланнику в Белграде В. Н. Штрандману, – ввиду сравнительной малочисленности русских войск по отношению к большому протяжению линии фронта и неблагоприятного впечатления, производимого на молодые формирования оставлением союзников, в которых они видели надежную опору». Миллер просил содействия Штрандмана для задержки в Области Сербского батальона, присутствие которого он считал важным моральным фактором, – ведь, кроме них, никаких союзных контингентов не оставалось. При личном участии Королевича Александра просьба генерала была удовлетворена, и сербы поступили в его распоряжение как Главнокомандующего до конца октября 1919 года.
Военное положение Области осложнилось тем, что на Двинском фронте в конце сентября под натиском большевиков началось отступление к Архангельску. Однако назначенный Миллером новый командующий, генерал И. А. Данилов, сумел переломить ход борьбы и закрепиться на промежуточном рубеже. На Железнодорожном фронте в октябре проводились широкие и успешные наступательные операции. Открылись возможности дальнейшего продвижения на юг. В октябре белыми были заняты отстоящие от Архангельска на сотни и тысячи верст местности в Мезенском, Пинежском и Печорском районах. О результатах красноречиво свидетельствовали тысячи пленных и большие трофеи.
Казалось бы, был достигнут действительно значительный успех, и позиции упрочились. Но на самом деле с захватом новых громадных территорий фронт удлинился, а живую силу, ресурсы которой были весьма ограничены, приходилось рассредотачивать. Увеличился расход транспорта, а главное – продовольствия. Нормы хлеба и сахара стали урезаться не только в тылу, но и в войсках. Главнокомандующий вел интенсивную переписку с военными агентами и русскими посольствами в Европе, прося их содействия в переговорах с военными министерствами европейских стран о присылке в Северную Область необходимых запасов для фронта – муки, сахара, консервов, обмундирования, боеприпасов… Но, очевидно, никакие заграничные поставки так и не попали в Область.