23 февраля 1935 года произошел так называемый «бунт маршалов»: тринадцать старших начальников РОВС во главе с генералами Туркулом, Фоком и Скоблиным предъявили Миллеру ультимативное требование превратить Союз в политический центр всего национально настроенного Зарубежья. В частной переписке Скоблин отзывался о Миллере так: «Его туманная политика в Союзе в последнее время сильно пошатнула его авторитет в среде наших офицеров». Подразумевалась и отставка Миллера с поста Председателя РОВС. Миллер отверг требования «маршалов», но его авторитету был нанесен сильный удар. Когда в апреле 1934 года Миллер взял отпуск, влиятельные эмигрантские газеты «Возрождение» и «Последние Новости» стали наперебой обсуждать дела Союза и преподносить одну сенсацию за другой – как о неизбежном уходе генерала, так и о новой кандидатуре на его пост. По возвращении Миллеру пришлось принять решение об отставке генерала Шатилова (Начальника I-го Отдела РОВС и руководителя контрразведки Союза – так называемой «внутренней линии»), деятельность которого вызывала у него беспокойство, а в апреле 1935 года Евгений Карлович, ссылаясь на необходимость экономии денежных средств, принял обязанности Начальника I-го Отдела на себя. Одновременно руководство «внутренней линией» во Франции Миллер возложил на Скоблина…
Деятельность «внутренней линии» от Миллера ускользала и фактически была ему неподконтрольна. 26 декабря 1936 года он освободил Скоблина от обязанностей ее начальника во Франции, а 28 декабря предписал личному составу «линии» по всем вопросам обращаться к нему непосредственно, категорически запретив исполнять приказания других лиц, даже и тех, кто руководил ими в прошлом. Но ни руководить деятельностью своей контрразведки, ни распустить ее Миллер уже не мог.
Генерал Е. К. Миллер в музее зарубежного Русского кадетского корпуса
Разногласия привели к расколу. Радикально настроенный генерал Туркул в 1936 году организовал Русский Национальный Союз Участников Войны, не порывая с Обще-Воинским Союзом, но считая его только военно-бытовой организацией, а свой союз – военно-политической. Тем самым были грубо нарушены уставные принципы РОВС, запрещающие его чинам участвовать в политических организациях. В ответ Миллер исключил чрезвычайно популярного в эмигрантских кругах Туркула из списков РОВС, что отнюдь не способствовало росту авторитета самого Евгения Карловича. Еще большей критике, чем изнутри, РОВС подвергался со стороны, в том числе эмигрантскими фашистскими организациями, несмотря на то, что Миллер требовал от своих подчиненных обязательного изучения фашистской теории и практики, характеризуя международное положение в мире к концу 1930-х годов как эпоху борьбы «новых фашистских форм государственного устройства с отживающей формой “парламентского демократизма”» и считая, что чины Русского Обще-Воинского Союза являются как бы «естественными идейными фашистами». В то же время Миллер ясно отдавал себе отчет о том, как относятся к РОВС германские национал-социалисты, констатируя: «там не хотят пожать протянутую нами руку», «их связи и даже их деньги направляются типам вроде Туркула с тем, чтобы в результате было разложение РОВСа», и проч.
Планы вооруженной борьбы против коммунизма удалось реализовать только в Испании, где в июле 1936 года вспыхнула Гражданская война. Участие в ней чинов Обще-Воинского Союза на стороне националистов Миллер объявил продолжением Белой борьбы. 25 декабря 1936 года им был опубликован циркуляр о порядке приема в армию Ф. Франко, причем добровольцы должны были иметь подписанные Миллером удостоверения о благонадежности. Когда 1 апреля 1939 года «Национальная Испания» победила, генерал Франко в своем приказе воздал должное русским белым добровольцам, но председатель РОВС генерал Миллер об этом уже не смог узнать. 22 сентября 1937 года он был похищен советской разведкой с помощью своего ближайшего сотрудника генерала Н. В. Скоблина и его жены певицы Н. В. Плевицкой. Вероятно, расчет советских спецслужб строился на том, чтобы убрать неподкупного Миллера и посадить на его место своего агента: тогда вся военная эмиграция оказалась бы в руках чекистов. РОВС был бы добит страшнейшей провокацией, если бы не записка, оставленная Миллером в день похищения.