Дальнейшая его деятельность в должности генерального директора госпиталей и аптек Колывано-Воскресенских заводов являет собою пример безукоризненной добросовестности и честности. Он старательно трудится на благо своей второй родины, обследуя рудничные и заводские поселки, выявляя состояние дел на фронте здравоохранения и выискивая причины болезней, которые были здесь весьма распространены. Помимо своих прямых обязанностей он много сил и времени отдает исследовательской работе. Он создает несколько трудов по ботанике и энтомологии, в которых описывает флору и энтомофауну Юго-Западной Сибири, причем значительное место в этих работах занимают описания открытых им насекомых и растений.
Он был отмечен множеством почетных титулов. Русское географическое общество и Московское общество испытателей природы и множество других русских и зарубежных научных объединений приняли его в свои ряды.
Геблер во время поездки в 1833 г. к Рахмановским теплым источникам, судя по карте (передний форзац) увидел издалека южный склон Катунского хребта и саму Белуху, а в поездку 1834 г. обошел северное подножье хребта и рассматривал северные склоны массива с высокого Аккем-Коирского водораздела. Оставалось последнее – добраться до собственно истоков Катуни и подножья Белухи.
В начале лета 1835 г. Геблер осмелился побеспокоить главного начальника алтайских заводов Е. П. Ковалевского, обратившись к нему «со всепокорнейшей просьбой удостоить… при удобном случае поручение обозревать» Катунский хребет, тем паче, что по служебной надобности он должен быть в Зыряновском руднике, откуда путь к верховьям Катуни был сравнительно доступен. Его превосходительство изволило поручение дать и соблаговолило распорядиться о выдаче доктору «сверх прогонов, следующих ему по чину», еще двухсот рублей на исследовательские цели.
«Кряж этот, – писал ученый, – еще не описан и не исследован естествоиспытателями: одни только смелые русские охотники да кочевники посещают его долины и небольшие горы, но высочайшие вершины его остаются еще недосягаемыми. Петр Шангин, проникший вглубь Алтая в 1786 г., и Карл Ледебур видели только северную оконечность этих гор. Бунге в описании своего путешествия к реке Чуе упоминает о восточных склонах хребта и о Белухе. Гельмерсен объехал часть восточной стороны кряжа. Подъема же на нее никто не предпринимал». К. Ледебур и А. Бунге принимали этот кряж за цепь гор Холзуна.
Своими исследованиями в районе Катунско-Чуйского хребта Ф. Геблер предполагал решение следующих задач:
1. Проверить течение реки Катуни между ее вершинами и деревней Уймонской. На картах того времени Холзунский хребет имел очень значительную ширину, что, по мнению ученого, не соответствовало величине рек, с него стекающих. Он считал, что река должна «образовать в тех местах значительный круг, нежели на картах показано».
2. Измерить на Катунском хребте посредством барометра высоту границы лесов и вечных снегов, которая в Сибири еще мало известна, и разные другие высоты.
3. Исследовать и описать ледники, находящиеся по имеющимся сведениям у подошвы горы Белухи, но еще никем не описанные.
4. Измерить тригонометрически высоту Белухи.
5. Осмотреть южную покатость Катунского хребта и верховья реки Аргута, которые на картах показаны неправильно.
6. Наблюдать на маршруте животных, растения и горные породы, а также собрать их для коллекции; при случае исследовать температуру ключей.
Свой победный маршрут Геблер, как и в 1834 г., начал из Уймона. Обойдя южное подножье хребта, характеризуя встреченные по пути реки и особенно Тайменье озеро, путешественник подошел к краю главного ледника Катуни, осмотрел крутые склоны Белухи, отметил роль лавин в питании ледника и сходство истоков Катуни и Роны (Геблер ссылается на работу Агассица), сильное загрязнение поверхности моренным материалом. Позднее профессор В. В. Сапожников назовет этот ледник именем первооткрывателя. Из долины Катуни доктор Геблер перевалил в долину Белой Берели, поднялся на перевал в долину Коксы аргутской, спустился до Аргута и добрался до Тополевки (Карагема) и тем замкнул катунский круг (он снова оказался первым!). На обратном пути Геблер остановился в виду Большого Берельского ледника и произвел первое тригонометрическое определение высоты вершины.