После возвращения из непродолжительного плена Александр Васильевич с головой окунулся в военную и научную деятельность. Так, он стал членом неформального кружка молодых морских офицеров, которые стремились исправить недостатки русского флота, выявленные в годы русско-японской войны, и способствовать его обновлению. В 1906 г. на основе этого кружка был образован Морской генеральный штаб, в котором Колчак занял должность начальника оперативной части. В это время по долгу службы он часто выступал в качестве военного эксперта в Государственной Думе, убеждая депутатов (остававшихся по большей части глухими к нуждам флота) в необходимости выделить требуемое финансирование.
К сожалению, в начале 1908 г. ввиду серьезного конфликта между морским ведомством и Государственной Думой получить требуемые ассигнования не удалось.
Одновременно Александр Васильевич занимался наукой. Сначала он обрабатывал материалы полярных экспедиций, затем составлял специальные гидрографические карты, а в 1909 г. вышла фундаментальная работа «Лед Карского и Сибирского морей», которая заложила основы изучения морского льда. Любопытно то, что она была переиздана в 1928 г. Американским географическим обществом в сборнике, в который вошли труды 30 наиболее видных мировых полярников.
В мае 1908 г. Колчак покинул Морской генштаб, с тем чтобы стать участником очередной полярной экспедиции, однако в конце 1909 г. (когда корабли уже находились во Владивостоке) он был отозван обратно в столицу в военно-морское ведомство на прежнюю должность.
Здесь Александр Васильевич занимался разработкой программ судостроения, написал ряд общетеоретических работ, в которых, в частности, высказывался за развитие всех видов кораблей, однако предлагал в первую очередь уделять внимание линейному флоту. Писал он и о необходимости усилить Балтийский флот ввиду опасения серьезного конфликта с Германией. А в 1912 г. для внутреннего пользования вышла книга «Служба Генерального штаба», в которой анализировался соответствующий опыт других стран.
Тогда же окончательно складываются взгляды А. В. Колчака на философию войны.
Они были сформированы под влиянием идей немецкого фельдмаршала Мольтке-старшего, а также японских, китайских и буддийских философских учений. Судя по имеющимся свидетельствам, для него весь мир представлялся сквозь призму метафоры войны, под которой он понимал в первую очередь естественное («природное») для человеческого общества явление, печальную необходимость, которую необходимо принимать с честью и достоинством: «Война есть одно из неизменных проявлений общественной жизни в широком смысле этого понятия. Подчиняясь, как таковая, законам и нормам, которые управляют сознанием, жизнью и развитием общества, война является одной из наиболее частых форм человеческой деятельности, в которой агенты разрушения и уничтожения переплетаются и сливаются с агентами творчества и развития, с прогрессом, культурой и цивилизацией».
Заметим, что подобные представления о мировом историческом процессе (как о вечной войне между народами, идеями, ценностями), который управляется объективными закономерностями, были широко распространены в интеллектуальных кругах как России, так и Европы, а потому воззрения Колчака в целом мало отличались от них, хотя и обладали определенной спецификой, связанной с его военной службой и беззаветным патриотизмом.