Обобщив все ранее добытые органами государственной безопасности данные о германских спецслужбах, уже в августе 1943 г. ГУКР "СМЕРШ" подготовил справочник "Органы германской разведки, действующие на советско-германском фронте", который также широко использовался в розыскной и следственной работе НКВД и НКГБ СССР, и сыгравший заметную роль в разоблачении германской агентуры. В этом справочнике содержались систематизированные сведения о задачах, местах дислокации, личном составе абверкоманд и абвергрупп, приданных их разведывательных школах, особенностях подготовки и использования агентуры, а также приметы и характеристики на выявленных агентов, объявленных в оперативный розыск. (Аналогичный справочник об органах финской разведки был подготовлен в марте 1944 г.).
Накопленный за предыдущие годы военными контрразведчиками опыт позволял им теперь заводить оперативные разработки конкретных разведывательных, контрразведывательных и карательных органов противника, действовавших на временно оккупированной советской территории в зоне ответственности УВК "СМЕРШ" соответствующих фронтов. Это позволяло не только заводить с ними радиоигры и дезинформировать их относительно "эффективности" разведывательно-подрывной деятельности, но и проводить операции по агентурному проникновению, обеспечивавшие выявление официального состава и агентуры этих органов, готовить и проводить мероприятия по их ликвидации, а также по захвату личного состава, агентуры, зданий и документов.
Причем первоначальная информация об интересующих ГУКР "СМЕРШ" НКО объектах в тылах неприятельских войск, направлявшаяся во фронтовые управления военной контрразведки "СМЕРШ", поступала от разведки (Первого) и IV (зафронтового) управлений НКГБ СССР, территориальных органов НКВД, а также добывалась им непосредственно в процессе оперативной работы.
Следует также отметить, что контрразведывательную работу по установлению мест дислокации карательных, диверсионно-разведывательных органов, штабов и административных учреждений оккупантов, розыску оставленных на "оседание" на освобождаемой советскими войсками территории агентов противника, начинали подвижные оперативные группы военной контрразведки "СМЕРШ" соответствующих фронтов.
О всех добытых в результате этих мероприятий, а также допросов подозреваемых и свидетелей, данных, включая сообщения зафронтовой агентуры, информировался ГУКР "СМЕРШ" НКО СССР.
Затем на смену военным контрразведчикам прибывали оперативные группы республиканских или областных управлений НКВД - НКГБ, из числа сотрудников которых формировались новые территориальные органы госбезопасности, продолжавшие работу по розыску и ликвидации агентуры противника, его диверсионно-разведывательных групп и формирований, выявлению и аресту карателей, коллаборационистов и иных пособников оккупантов, вскрытию и документированию карательных акций и иных преступлений против гражданского населения, создавали фильтрационные пункты и проводили фильтрационную работу.
При отступлении вермахта, часть сотрудничавших с оккупантами коллаборационистов бежала на запад, но часть из них была завербована германскими спецслужбами и оставлялась для проведения разведывательно-подрывной работы в тылах наступающей Красной Армии, некоторые по собственной инициативе создавали "подпольные организации сопротивления", дабы легализоваться и избежать ареста и ответственности в неразберихе первых дней освобождения.
Особенно сложная обстановка на освобождаемых территориях складывалась на Украине. Вот как она характеризовалась в недавно рассекреченной Службой безопасности Украины (СБУ) ориентировке наркома госбезопасности Украинской ССР С.Р. Савченко начальникам областных управлений наркомата ╧ 683/с от 23 апреля 1944 г. "О связях ОУН-бандеровцев и УПА с немцами" :
"Общеизвестно, что украинские националисты всех течений до войны возлагали большие надежды при помощи Германии создать "Самостийную Украину". Известно также, что немцы всячески поддерживали украинских националистов в этом, однако, когда в первые дни войны Германии с СССР наиболее активная часть ОУН, возглавляемая Бандерой, попыталась создать без разрешения немцев правительство "Самостийной" Украины, немцы, несмотря на свои прежние обещания, бесцеремонно разогнали это правительство, арестовали Бандеру и расстреляли ряд видных главарей бандеровского течения.
После этого, сохранившиеся приверженцы Бандеры... перешли на нелегальное положение и объявили "войну" немцам, создав для борьбы с ними, а равно для борьбы с советским элементам, сначала "боевки", а затем т.н. "Украинскую повстанческую армию" - УПА.
ОУН сумела под лозунгом борьбы с немцами, а равно путем террора, втянуть в ряды УПА значительную часть населения из социально близких нам слоев.
Боевые действия УПА против немцев сводились к антинемецкой агитации и мелким стычкам с отдельными малочисленными гарнизонами и отрядами оккупантов и обороне от периодически наряжаемых немцами карательных экспедиций в места расположения банд УПА.