Из математики Больцано переносит в философию способ доказательства от противного, основанный на допущении истинности утверждения, противоположного доказываемому тезису. Он называет его апагогическим доказательством и использует, например, в опровержении агностицизма Канта (см. 21,
По мнению Больцано, рассуждать о возможностях и способностях познания, чтобы убедиться в знании истины, совершенно нелепо. Наоборот, мы заключаем об этой способности, исходя из того, что уже знаем. Мнение Больцано напоминает остроумный аргумент Гегеля против Канта. Гегель говорит, что Кант своей попыткой определить границы нашего познания похож на человека, решившего научиться плавать, не залезая в воду. Больцано глубоко убежден в неограниченной способности человека к познанию. На возможное возражение со стороны агностиков, что незнание нами границ познания само уже говорит о наличии границ, он отвечает: «…мы лишь потому не можем назвать таких границ, что их в действительности не существует, сумма человеческих знаний увеличивается до бесконечности» (там же, 238).
Все аргументы чешского философа носят логический характер. Он стремится обнаружить логическую противоречивость агностицизма и скептицизма, и это ему удается; однако его критика остается незавершенной, недостаточной. Нужно поставить в заслугу Больцано то, что он сам замечает ограниченность логической критики и делает шаг к правильной оценке своей аргументации. Более действенным средством опровержения мнения скептика, считает он, оказывается сама жизнь. Нужно поставить скептика в такое положение, когда ему необходимо «судить и действовать». К сожалению, Больцано тут же добавляет, что это средство значимо только для настоящего времени (там же, 195). Недиалектическое понимание философом истины как неизменного, раз навсегда данного образования требует у него и постоянного логического средства ее подтверждения.