В основании учения Больцано о бытии лежит понятие субстанции. Вслед за Лейбницем он характеризует субстанции как последние, неделимые, простые и индивидуализированные элементы вещей. Все существующее в действительности разделяется им на два вида: на то, что существует в чем-то другом как свойство, например цвет, звук, запах, вес, и то, что существует само по себе, например материя, из которой состоят все тела. Первый вид существующего называют атрибутами, второй — субстанциями. Больцано вводит различную терминологию для обозначения идеальных объектов и действительно существующих предметов. Понятием свойства, отмечает он, было бы не совсем правильно обозначать первый ряд существующего, так как есть несуществующие предметы, которым мы можем приписывать свойства. Например, для каждого числа — а это предмет, не существующий реально, — мы указываем свойство, согласно которому можно найти еще одно число, которое будет больше, чем первое. Вместо понятия субстанции, замечает Больцано, философы нередко употребляют понятие сущности. Но под сущностью они понимают совокупность важнейших свойств предмета независимо от того, существует этот предмет или нет, является он естественным или создан человеком. Так, говорят, что сущность часов состоит в том, чтобы быть инструментом для измерения времени. Больцано считает, что для существующего лучше употреблять понятия субстанции и атрибута (см. 13, 235). Стремление мыслителя к более строгому употреблению понятий и терминов, применяемых к различного рода предметности, вполне оправданно. В философии, как известно, многие трудности возникают из-за многозначности употребляемых категорий. Понятие сущности, конечно, имеет различный смысл в зависимости от того, применяется ли оно к реальным предметам или к различного рода абстрактным объектам. В отличие от Лейбница Больцано не называет субстанцию монадой и иногда говорит о субстанции как об атоме.
Субстанция не относится к свойствам или атрибутам, напротив, она является носителем свойств. Субстанция является действительной вещью, которая не может быть свойством других вещей (см. там же, 358). Невоспринимаемость субстанции не есть основание для отрицания ее существования. Каждая конкретная вещь, воспринимаемая нами, сложна и составлена из бесконечного количества субстанций (см. там же, 100. 21,