Геттингенский университет занимал среди европейских учебных заведений особое место. Геттинген — немецкий город, однако политическое положение его в раздробленной Германии особое: город этот принадлежал английской короне, и на территории его действовала английская конституция — Habeas Corpus act. В Геттингене собираются свободолюбивые профессора всей Германии. Здесь же преподает знаменитый исследователь русских летописей — профессор Шлецер, долго живший в Петербурге и связавший с Россией свою молодость. Шлецер покровительствует русским студентам, и не случайно в Геттингене в начала XIX века собирается молодежь, которая потом оставит заметный след в русской культуре. Одновременно с Кайсаровым в Геттингене учится Александр Тургенев, в будущем — друг и собеседник почти всех великих писателей, историков, крупных политиков Европы, человек, который в 1811 году привезет Пушкина в Лицей, а в 1837 году — единственный из друзей — повезет тело поэта из Петербурга в Святогорский монастырь. Через несколько лет в Геттингене появится брат Александра Тургенева — Николай Тургенев, будущий декабрист. Одновременно с Кайсаровым в Геттигенском университете находился А. П. Куницын, в будущем — один из любимых преподавателей пушкинского Лицея, которому поэт посвятил строки:
Сюда же Пушкин позже приведет Ленского. Кстати, указание на то, что Владимир Ленский был «с душою прямо геттингенской», обыкновенно истолковывается как намек на романтизм героя: читатель зачастую забывает о различии геттингенских либералов и немецких романтиков. Для Пушкина же упоминание Геттингена исполнено особого и глубокого смысла, и Ленский первоначально был отнюдь не случайно охарактеризован как «крикун, мятежник и поэт», а вместо «Германии туманной» ранее стояло:
Современный читатель утрачивает значительную часть смысла этих строк, поскольку не придает значения деталям, как всегда у Пушкина — исключительно точным. «Всегда восторженная речь», столь свойственная, например, В. Кюхельбекеру, — черта «вдохновенного» и смешного в светском обществе романтического поведения. «Кудри черные до плеч» — тоже значимая для современников черта: англоман Онегин «пострижен по последней моде», а Ленский, либеральный романтик, подобно Шиллеру, носит кудри до плеч. Итоговая характеристика Ленского: «Поклонник славы и свободы» — вполне серьезна: иронический ее оттенок в контексте пушкинской строфы связан с отношением Пушкина 1824 года к романтическому либерализму. Геттингенец Кайсаров тоже был «поклонник славы и свободы».
В Геттингене у знаменитого Шлецера Кайсаров изучает русскую историю, экономику. Здесь же в 1806 году он защищает на латинском языке диссертацию (оказалось, что для ученого необходим и этот язык: и диссертация, и весь диспут — на латыни). Замечательно название работы — «De manumittendis per Russiam servis», что нужно перевести — «О необходимости освобождения рабов в России».
Однако геттингенский студент был не только свободолюбцем — черта в эти годы не столь уж исключительная. Кайсаров с необычайной энергией занимается политическими науками. По совету своего учителя Кайсаров разрабатывает программу чрезвычайно широкого изучения народной жизни славян. Либерализм и народность сливаются у него в единый план создания «науки о народе» с неслыханным для того времени охватом материала и проблем. В замысел его входят исследования фольклора всех славянских народов. Он посещает земли чехов, лужицких сербов и хорватов. Его интересуют и сербы, и он совершает очень опасное путешествие в захваченные Турцией районы: отношения между Турцией и Россией в те годы были крайне враждебны.
К этому времени Кайсаров — университетски образованный человек. Он проводит известный срок в Англии и Шотландии. В Англии он, в частности, собирает рукописи, касающиеся русской истории. В Эдинбурге Кайсаров получает второй диплом доктора — на этот раз медицины. В 1810 году его избирают профессором Дерптского университета. Короткое время, проведенное им после возвращения из-за границы на родине, в Саратове, окончательно убедило его отказаться от всех проторенных для дворянина дорог. Он уже связал себя с «недворянскими науками» и решил избрать для себя будущее профессора в Дерпте (Дерпт все же не совсем Россия: возможно, что стать профессором какого-либо русского университета даже Кайсаров не решился бы).