Желая оставить своей Церкви и после кончины своей живых проповедников истины, преподобный Ефрем собрал к себе учеников, которых наставлял своим примером и словом. Из числа сих учеников известны: Зиновий, диакон Едесской Церкви, Симеон, Мара Агелийский, Авраам, Исаак, Балей и другие. Они занимались изъяснением Священного Писания и подражали своему наставнику в стихотворных произведениях. Училище едесское, основанное Ефремом, долгое время процветало и после его кончины, доставляя образование не только своей стране, но и христианам Персии и Армении.
Так слава Церкви Едесской неразрывно соединена с славою имени Ефрема! Едесса была одним из тех городов, которых благочестие не поколебалось и при Юлиане отступнике. Во время похода своего против персов, проходя через Месопотамию, он оставил слева этот город, как цветущий благочестием. Однако же он не утерпел, чтобы не выразить жителям Едессы всей ненависти своей к их благочестию, когда представился к тому случай. Последователи Валентина, вероятно из школы Вардесановой, принесли ему жалобу на оскорбление от христиан едесских. Юлиан, пользуясь этим случаем, приказал отобрать у Церкви Едесской сокровища, а недвижимую собственность, ей принадлежавшую, отписать на себя. При этом он не позабыл присовокупить обыкновенной своей насмешки над блаженством нищеты евангельской.
Сколь ни были очевидны духовные дарования Ефрема, его подвиги иноческие и его заслуги для Церкви, но, считая себя меньшим всех, Ефрем желал видеть великих пустынножителей Египта, откуда распространилось монашество повсюду, и посетить великого архипастыря Каппадокийского Василия, заботы которого об умиротворении Церквей Восточных касались и Месопотамии. Ревнители благочестия находили в перенесении трудов и опасностей странствования – подвиг, а в беседах и жизни мужей опытных – назидание. Вот почему Василий Великий посещал пустынников египетских, равно как и живших в Палестине, Келесирии и Месопотамии, когда сам решился посвятить себя жизни иноческой. И в своем благочестивом странствовании, как сам писал, он много везде находил людей, которые самым делом показывали, что носят в теле своем мертвость Иисуса. С таким же намерением отправился в Египет и преподобный Ефрем, уже после многих лет строгого подвижничества в Низибии и Едессе. Взяв с собою ученика, умеющего говорить по-гречески, он достиг берегов Средиземного моря и сел на корабль. Молитва и упование на силу Божию избавили его и плывших с ним от опасности потопления. Гора Нитрийская приняла его как давно ожидаемого гостя. Сирский жизнеописатель упоминает о свидании здесь преподобного Ефрема с богоизбранным иноком Паисием, а египетский жизнеописатель преподобного Паисия, Иоанн Колов, сам бывший несколько времени его сподвижником, описывает сие свидание, не именуя сирского посетителя, но так его живописуя, что нельзя не узнать в нем Ефрема. Передадим сей рассказ вполне.