В 22.40 20 июня начальник Генштаба сообщил командующему войсками ОдВО о том, что «с 10 часов 21 июня Вы подчиняетесь Командующему КОВО генералу армии Жукову»
[846]. На следующий день нарком ВМФ адмирал Кузнецов приказал Военному совету Черноморского флота «с 22 часов 21 июня перейти в оперативное подчинение командующего войсками Киевского особого военного округа. Командиру Одесской военно-морской базы перейти в подчинение командующего войсками Одесского военного округа. Прибывающему из Киева в Херсон первому дивизиону мониторов перейти в оперативное подчинение командира Одесской военно-морской базы» [847].Штаб КОВО взялся за уточнение подготовленного к 17 июня варианта плана предстоящей операции. 19 июня в Проскурове для Военных советов армий и командиров корпусов были проведены специальные занятия, на которых они были ознакомлены с характером и планом операции и получили указания об особенностях боевой подготовки войск и тылов
[848]. В тот же день командующий войсками КОВО издал приказ № Д/007 об обращении с военнопленными, согласно которому офицеров и унтер-офицеров следовало конвоировать в лагеря на восточную сторону Днестра, а солдат использовать на занятой территории для работ по восстановлению железных дорог. Военнопленных требовалось размещать в бараках или палатках, прежде всего трофейных, и питать по норме тылового пайка. «Категорически воспрещается, кому бы то ни было без разрешения Военного совета КОВО, распускать военнопленных солдат, какой бы национальности и местожительства они ни были» [849]. 21 июня Жуков подписал приказ № 00126/сс, согласно которому назначались начальники и комиссары гарнизонов и их управления для городов Черновицы, Герца, Сирет, Рэдэуцы, Дорохой, Хотин, Сороки, Бельцы, Кишинев, Измаил, Оргеев, Аккерман, Бендеры и Кагул [850]. Приказ вводил в действие утвержденную Жуковым 19 июня «Инструкцию начальнику гарнизона Красной армии», согласно которой: