Музыки он написал очень много, причём совершенно разной, от строгих фуг до развлекательных концертов для самых диковинных инструментов (например, для басовой мандолины и варгана с оркестром — игрой на этих раритетах забавлялись монахи Мёлькского монастыря, где он в своё время служил органистом). Однако, будучи крайне требовательным к себе, Альбрехтсбергер не стремился к композиторской славе. Большая часть его музыкального наследия так и лежит до сих пор неизданной. Зато публикация трактата «Основательное наставление к композиции», вышедшего в свет в Лейпциге в 1790 году, принесла Альбрехтсбергеру лавры искушённейшего знатока контрапункта. Этот труд не был сугубо теоретическим; никакой оригинальной концепции музыкального искусства Альбрехтсбергер не выдвигал. Но он сделал то, чего так не хватало молодым композиторам, изучавшим так называемый «строгий стиль» полифонического письма по учебнику Фукса: связал старинную традицию с современным музыкальным языком. Альбрехтсбергер полагал, что раз фуга остаётся необходимейшим жанром церковной музыки, то всякий композитор должен уметь грамотно писать фуги, но делать это не в архаической манере мастеров XVII века, а в более современном стиле. Поэтому, при всей своей консервативности, позиция Альбрехтсбергера была совершенно не схоластической, а предлагавшиеся им учебные задачи выглядели не столь оторванными от жизни, как упражнения из учебника Фукса, архаическую прелесть которых Бетховен оценил, лишь когда сам сделался мэтром.
Отношения Бетховена с Альбрехтсбергером тоже складывались отнюдь не просто. Обвинить Бетховена в каком-либо манкировании занятиями возможно: эти материалы, как и тетрадки с упражнениями, выполненными для Гайдна, сохранились, и их количество внушает уважение. Трудился он усердно, но, как заметил исследовавший его работы Мартин Густав Ноттебом, ни одной безупречной фуги он без помощи Альбрехтсбергера так и не написал. А потом вдруг, когда они дошли до канона, занятия прервались. Произошло это примерно в начале 1795 года.
Почему так случилось, мы не знаем. Может быть, учитель и ученик пришли к обоюдному согласию, что продолжать занятия нет смысла. В разговорной тетради от мая 1824 года Антон Шиндлер напоминал Бетховену об «аттестате артиста», который когда-то ему выдал Альбрехтсбергер. Документ не сохранился, но вообще в то время подобные «аттестаты» были в ходу. Они заменяли нынешние официальные дипломы. Так, 8 июня 1790 года Гайдн подписал свидетельство, удостоверявшее профессиональную компетентность композитора и пианиста Йозефа Эйблера. Сам Бетховен выдал 7 мая 1805 года рекомендацию Карлу Черни, где значилось, что тот достиг выдающихся успехов в игре на фортепиано. Такие свидетельства могли быть полезными при гастрольных поездках или при соискании официальных должностей.
Ни в письмах Бетховена, ни в мемуарной литературе нет ни малейших намёков на какой-либо конфликт с Альбрехтсбергером. О мнимой «зависти», как в случае с Гайдном, речь идти не могла: Альбрехтсбергер не претендовал на место в ряду великих творцов. Зато заслужить его одобрение было совсем нелегко, и это как раз могло втайне мучить честолюбивого Бетховена. Обучение у Альбрехтсбергера принесло очень заметные результаты: ранние произведения юного гения, написанные после 1794 года, вдруг запестрели образцово сделанными контрапунктами и фугато, как если бы Бетховен всем демонстрировал, что он мастерски умеет писать и «учёную» музыку, и старик Альбрехтсбергер совершенно не прав, полагая, будто «этот ничему не научился и никогда не создаст ничего путного».