Когда Пирогов покидал Дерпт, то благодарные немцы не нашли ничего лучшего, как выразить свою признательность, повесив портрет русского хирурга в операционном зале. Тогда еще не открыли антисептическую хирургию. Она возникла лишь в 1867 году, и поэтому портрет Пирогова, собиравший микробы, а, следовательно, сеявший смерть в операционной, вполне был допустим. Современники утверждают, что портрет получился вполне удачным. Писан он был масляными красками русским художником Хрипковым, жившим тогда в Дерпте.
В 1840 году Пирогова пригласили на кафедру хирургии Петербургской медико-хирургической академии. Там талантливый врач и знаменитость сразу получил госпиталь в тысячу коек. Осмотрев свои новые столь обширные владения, ученый-практик пришел в ужас от того, что увидел. Огромные госпитальные палаты (на 60 – 100 кроватей каждая), плохо проветриваемые, были переполнены больными с рожистыми воспалениями, острогнойными отеками и гнойными заражениями крови. Для операций не было ни одного, даже плохого, помещения. Тряпки под припарки и компрессы переносились фельдшерами без зазрения совести от ран одного больного к другому. Лекарства, отпускавшиеся из госпитальной аптеки, были похожи на что угодно, только не на лекарства. Вместо рыбьего жира – какое-то непонятное маслянистое вещество. Хлеб и вообще вся провизия были ниже всякой критики. Воровство было не ночное, а дневное. Смотрители и комиссары проигрывали по нескольку сот рублей в карты ежедневно. Мясной подрядчик на виду у всех развозил мясо по домам госпитальной конторы. Аптекарь продавал на сторону свои запасы уксуса, разных трав и т. п. В последнее время дошло до того, что госпитальное начальство начало продавать подержанные и снятые с ран корпию, повязки, компрессы и прочее, и для этой торговой операции складывало вонючие тряпки в особые камеры, расположенные возле палат с больными.
Молодому и энергичному хирургу, приехавшему только что из Дерпта, предстояло превратить авгиевы конюшни Второго военно-сухопутного госпиталя в нечто похожее на клинику. Административное «военно-учебное болото», в которое попал Пирогов, заволновалось. Населявшие его гады всполошились и соединенными усилиями набросились на нарушителя их мирной воровской идиллии. Но они не знали, что перед ними инициатор знаменитых «Чингисхановских нашествий» по балтийским землям Империи. Пирогов тут же приспособил одну из госпитальных бань под мертвецкую и принялся резать трупы по двадцати штук в день.
От некого доктора Лоссиевского ассистенту Пирогова сразу же последовало весьма красноречивое предписание: «Заметив в поведении г-на Пирогова некоторые действия, свидетельствующие об его умопомешательстве, предписываю Вам следить за его действиями и доносить об оных мне. Гл. д-р. Лоссиевский».
Ассистент, некий Неммерт, показал бумагу Пирогову. Последний приказал отправить ее по начальству. Разразился скандал, в результате которого Лоссиевский и компания присмирели, и Пирогов вновь принялся безудержно резать и сумел в короткий срок поставить хирургическую кафедру академии на такую высоту, до которой она не поднималась ни до, ни после него.
Затем Николая Ивановича назначают директором инструментального завода, и он соглашается. Теперь хирург сам придумывает инструменты, которыми любой специалист сможет сделать операцию хорошо и быстро. Его просят принять должность консультанта в одной больнице, в другой, в третьей, и он опять соглашается.
Чтобы студенты имели возможность постоянно упражняться в производстве операций и вести экспериментальные наблюдения, в 1846 году по проекту Пирогова при Медико-хирургической академии был создан первый в Европе анатомический институт.
В 1846 году он опубликовал «Анатомические изображения человеческого тела, назначенные преимущественно для судебных врачей», а в 1850-м – «Анатомические изображения наружного вида и положения органов, заключающихся в трех главных полостях человеческого тела».
Поставив перед собой задачу – выяснить формы различных органов, их взаиморасположение, а также их смещение и деформацию под влиянием физиологических и патологических процессов, Пирогов разработал свой метод, названный им методом «ледяной скульптуры». Ученый хотел, чтобы для хирурга человеческое тело стало прозрачным. В результате чего он должен был мысленно представить себе положение всех частей в разрезе, проведенном в любом направлении через любую точку тела.
Чтобы узнать, как расположены различные части тела, анатомы вскрывали полости, разрушая соединительные ткани. Воздух, врываясь внутрь, искажал положение органов, их форму. Искаженные уже при вскрытии, органы окончательно изменялись под ножом анатома. Сам эксперимент мешал получить точные результаты, ради которых он проводился. Нужно было искать новый путь.
Существует легенда, в соответствии с которой Николай Иванович, проезжая по Сенной площади, где зимой обыкновенно были расставлены рассеченные поперек замороженные свиные туши, обратил на них особое внимание и применил в новом подходе к анатомии.