За оборону Севастополя Пирогов лично осуществил 5 000 ампутаций. А в его записках на тему войны появляются библейские интонации. Он пишет: «Над этим лагерем мучеников вдруг разразился ливень и промочил насквозь не только людей, но даже и все матрацы под ними. Несчастные так и валялись в грязных лужах. Можно себе представить, каково было с отрезанными ногами лежать на земле по три и по четыре вместе; матрацы почти плавали в грязи… По двадцати и более ампутированных умирало каждый день, а их было до 500. От 20 мертвых тел можно было находить меж ними каждый день…»
1 июня 1855 года больной, измученный физически и нравственно, Пирогов уезжает из Севастополя в Петербург и уходит из Медико-хирургической академии.
С этого момента он целиком посвящает себя проблемам воспитания. Великий хирург задумывается о смысле жизни под стать героям Л. Толстого. Войну, с которой он по-настоящему столкнулся лишь во время обороны Севастополя, он называет «травматической эпидемией». «Сама же причина войн – пишет хирург – по-видимому зависящая от воли и произвола правительств, кроется гораздо глубже. Разные миссии наций, стремление их на восток или на запад, переселения народов, соединенные с войнами, по временам появляющиеся завоеватели – что это все такое, как не нечто неправильное, глубоко затаенное в самой природе человеческих обществ! И войны, и каждая война имеют так же, как и эпидемии, свои фазы и свои периоды». Рассуждая о фазах и периодах войн, Пирогов славно предугадывает теорию этногенеза Л. Гумилева.
И в то же время, как близки мысли знаменитого хирурга о войне и великого русского писателя. Л. Толстой в «Севастопольских рассказах» пишет»: «Одно из двух: или война есть сумасшествие, или ежели люди делают это сумасшествие, то они совсем не разумные создания, как у нас почему-то принято думать».
По меткому выражению Стоютина, Пирогов стал после Крымской войны «общественным хирургом». В журнале «Морской сборник» он пишет свою знаменитую статью «Вопросы жизни», в которой говорит о необходимости нравственного воспитания, причем это воспитание хирург ставит выше любой профессиональной подготовки. Неожиданно сугубый профессионал-материалист начинает говорить о душе и о нравственных принципах.
С этого момента Пирогов почти полностью отходит от врачебной деятельности. На франко-прусскую войну, а затем на русско-турецкую он поедет исключительно как представитель Российского Красного Креста. Известно, что Пирогов еще за год до подписания знаменитой Женевской конвенции предлагал сделать медицину во время войны нейтральной. Отныне главной сферой деятельности ученого станет образование и воспитание. Пирогова назначают попечителем сначала Одесского, а затем и Киевского учебных округов. «Общественный хирург» внес заметное оживление в деятельность школ того времени: он всячески помогал развитию сети воскресных школ, активно выступал против ограничения прав на образование по сословным и национальным признакам, говорил о реформировании обучения. В то же время не все педагогические воззрения Пирогова оказались прогрессивными. Например, он выступал за физические наказания учащихся розгами. Вопрос о непокорном теле, над которым надо установить абсолютный контроль, по всей видимости, так и остался неразрешенным для ученого. Топографическая анатомия сменилась, по меткому выражению М. Фуко, анатомией «государственной».
В 1861 году под давлением генерал-губернатора юго-западного края И.И. Васильчикова Пирогов был вынужден оставить место попечителя. Он возвращается в свое имение под Винницей (село Вишня) и выезжает оттуда лишь по специальным приглашениям Российского и Международного Красного Креста. Известно, что Пирогов лечил даже самого Гарибальди, получившего тяжелое ранение в ногу, но это все было уже лишено прежней одержимости. Вопросы о душе встали, судя по всему, на первое место. Пирогов не считал себя религиозным человеком. Пожалуй, подобно Л. Толстому, он искал какое-то свое пантеистическое или даже деистическое оправдание духовности.
В начале 1881 года у Пирогова на слизистой оболочке твердого неба появились язвочки. В день празднования 50-летнего юбилея научной деятельности в Москве Пирогова осмотрел Склифосовский и высказался за их злокачественность. Он нашел необходимым немедленную операцию. Собрался консилиум, который пришел к тому же решению. Пирогов упал духом. Решено было немедленно ехать в Вену к Теодору Бильроту. Пирогов ехал совершенно убитый. В Киеве на станции ученого осмотрел в вагоне его ученик и всячески старался успокоить своего кумира. Бильрот после тщательного исследования признал язвы доброкачественными, и Пирогов ожил. Однако спокойствие длилось недолго. Уже по возвращении домой хирург заметил, что язвочки не затягиваются.
Лето Пирогов провел в Одессе на лимане. Чувствовал он себя плохо. За 26 дней до смерти он сам поставил себе неутеши тельный диагноз. К этому времени им уже был изобретен новый способ бальзамирования.