Главенство северных левитов среди яхвистов израильских племен продолжалось вплоть до времени судьи и пророка Самуила. Правление последнего ознаменовало собой переход религиозного лидерства от северных левитов к южным ааронидам. В этом смысле очень знаменательна библейская история о первосвященнике Эли из Шило. Не подлежит сомнению, что она была создана южными ааронидами, чтобы оправдать переход к ним главенства в богослужении, которое до этого принадлежало северной священнической династии. Эпизод с «человеком Божиим», который пришел предупредить Эли о грядущем наказании за недостойное поведение его сыновей, призван был легитимизировать возвышение южных ааронидов и показать, что это не превратности судьбы, а воля Господа: «И поставлю Себе священника верного, который по сердцу Моему и по душе Моей поступать будет; и устрою ему дом прочный, и будет он ходить перед помазанником Моим во все дни» (1 Цар. 2:35). Намекая на незавидное положение северных: левитов, в котором они оказались как во времена правления Соломона, так и после падения Северного царства, библейский текст не без сарказма сообщает об их печальной судьбе: «И всякий, оставшийся из дома твоего, придет кланяться ему (имеется в виду первосвященник из южных ааронидов. —
В видении Самуила говорится о том, что Господь «сделает дело в Израиле, от которого у каждого услышавшего о нем зазвенит в обоих ушах» (1 Цар. 3:11). Этим впечатляющим «делом» стал переход первосвященства от левитов северных племен к ааронидам южных, перевоз Ковчега Завета в Иерусалим и падение престижа религиозного центра в Шило. Правда, перехватить главенство из рук северных левитов ааронидам помогла военная и политическая обстановка того времени. Поражение армии северных племен в битве под Эвен а-Эзером, захват филистимлянами Ковчега Завета и вероятный разгром ими религиозного центра в Шило — все это привело к тому, что первосвященство перешло к аарониду южных племен — Самуилу, а северным левитам пришлось временно обосноваться в городе Нов и навсегда остаться без главной святыни яхвизма. В дальнейшем филистимляне возвратили Ковчег Завета, но не его законным хозяевам — левитам из Шило, а ааронидам южных племен, что, как и рассчитывали филистимляне, вызвало столкновения между двумя священническими группами и трения между древнееврейскими коленами. Усиление северного царя Саула, казалось, должно было вернуть левитам утраченные позиции, но история распорядилась иначе. Саул приказал передать Ковчег Завета из города Кирьят-Йеарима, расположенного на территории южного колена Йеуда, но опять-таки не левитам, а в свою резиденцию — Гиву, в область своего собственного племени Биньямин. Обиженные этим левиты помогли Давиду, когда он бежал от Саула, и тем самым окончательно впали в немилость царя. В наказание за помощь Давиду Саул казнил 85 священников-левитов и разгромил их центр в Нове. Оставшийся в живых Эвйатар, сын главы северной священнической династии, вынужден был присоединиться к Давиду. Так возник неожиданный и чисто временный союз северных левитов с претендентом на престол от южных племен.