Превращение России в сверхдержаву на началах добра и справедливости фактически меняло и ее статус среди православных государств. Как в свое время Константинопольский Престол был объявлен первым среди других Престолов за его местоположение «Второго Рима» — Константинополя, откуда правил Вселенский Царь — Византийский Император, так и после дарованной Богом великой победы русского оружия Московский Патриарх мог справедливо претендовать на первенство в Православном мире. Претензии эти опирались на мотивировку канонов II и IV Вселенских Соборов, которые выдвигали константинопольского Патриарха именно как Епископа Нового Рима; следовательно, с утратой политического положения своих городов Патриархи могли в будущем утратить и свое первенство чести[229]
. Есть основание утверждать, что вопрос этот обсуждался между Сталиным и Патриархом Сергием. В последней опубликованной статье Патриарх Сергий намекал на возможность рассмотрения в ближайшее время вопроса о переводе Московского Патриаршего Престола на первое место по диптиху. Такое заявление в то время могло появиться, разумеется, лишь после согласования с И.В. Сталиным, имевшим на Константинополь свои виды[230]. «На практике, — писал Святейший, — всякая группа людей, чтобы планомерно и успешно делать какое-нибудь общее дело, обыкновенно возглавляется кем-нибудь одним в качестве руководителя. Как будто в этом направлении развивалось исторически и внешнее устройство Церкви. Первоначальные ячейки — маленькие, однако фактически ни от кого не зависимые епископии — постепенно объединились в группы: епархии, митрополии, экзархаты и т. д., пока не образовали из себя пять патриархатов, рядом с которыми явились крупные объединения в виде национальных церквей. Во главе каждой церковной группы непременно стоит один из епископов, которого остальные епископы группы «должны почитать яко главу и ничего превышающего их власть не творити без его рассуждения». Пожалуй, не будет ничего нарушающего описанный ход развития церковной жизни и неприемлемого и в том, если бы и всю вселенскую земную Церковь когда-нибудь возглавил тоже единый руководитель или предстоятель в качестве, например, председателя Вселенского Собора, но, конечно, не Наместника Христова, а только в качестве главы церковной иерархии, а также и в том, если таким возглавителем окажется епископ какой-нибудь всемирной столицы»[231].Однако противодействие западных стран, помешавшее России установить державный контроль над Константинополем и проливами, отодвинуло решение этой задачи на неопределенный срок.
31 января 1945 года в московском храме Воскресения в Сокольниках открылся Поместный Собор, на котором участвовало 47 епископов, в том числе митрополиты: Алексий, Николай, Иоанн, Вениамин (Федченков) — митрополит Северной Америки и Аляски; 87 клириков и 38 мирян. Главными задачами Собора стали утверждение «Положения об управлении Русской Православной Церковью» и избрание Патриарха.
Новое «Положение» усилило иерархический строй церковного управления, предоставляя дополнительные полномочия Патриарху, епархиальным архиереям и настоятелям приходов. Созыв епархиального собрания и епархиального совета оставлялся на усмотрение епархиального архиерея, который, как известно, был зависим в этом от органов советской власти. Настоятели приходов назначались архиереем и были ответственны перед ним.
На Поместном Соборе новым Патриархом был избран митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий. На его интронизации 4 февраля 1945 года в Елоховском соборе Москвы митрополит Киевский Иоанн сказал: «Быть кормчим Русской Церкви в переживаемое нами время, в период великих мировых событий, — это подвиг исключительного значения. На твои рамена возлагается величайшее бремя. Дай Бог, чтобы дух Святейшего Сергия, витающий в этом святом храме, почил на тебе обильно и помогал бы тебе быть истинным хранителем апостольских преданий и вести неуклонно корабль нашей Церкви по избранному почившим пути во славу Божию и во благо нашей дорогой Родины». В апреле 1945 года Патриарх Алексий был принят Сталиным, на встрече обсуждались с ним вопросы, связанные с патриотической деятельностью Церкви, расширением духовного образования и церковно-издательского дела.