Макнатт соблюдал строгую секретность в отношении исследовательской программы по БО и «деликатность» в отношении президента. Нигде, даже в корреспонденции Рузвельту, он не писал о проектах по созданию БО или их деталях. В собственном архиве Рузвельта исследователями обнаружено не более десяти писем и записок относительно БО. В тех из них, которые датированы 1942 и 1943 гг., речь идет в основном о небольших ассигнованиях и организационных вопросах, связанных с деятельностью ВИС. Возможно, что Макнатт и Стимсон, а также начальник штаба сухопутных войск генерал Дж. К. Маршалл во время встреч с Рузвельтом устно информировали его о дополнительных суммах в миллионы долларов, выделенных ВИС на разработку БО. Ни один из известных документов не содержит сведений о том, что Рузвельт получал и визировал такие отчеты (Берстайн Б. Дж., 1987).
В декабре 1943 г. Стратегическое управление сообщило в своем донесении Объединенному комитету начальников штабов об имеющихся признаках подготовки германского командования к применению БО. В начале 1944 г. эксперты разведслужб стран антигитлеровской коалиции высказывали опасения, что Германия, возможно, собирается использовать свои новые мощные самолеты-снаряды V-1 для бомбардировки Великобритании, и не исключено, что эти снаряды будут нести багтериологический заряд. Поэтому в январе 1944 г. переоценка деятельности вероятного противника в области БО привела к значительному расширению усилий США, и разработка всей программы разработки БО была полностью передана химической службе. В ее рамках было создано специальное управление по исследованиям в области БО. В распоряжении управления находилось 3900 сотрудников, из которых примерно 2800 состояли на службе в армии, примерно 1000 — в военно-морском флоте и примерно 100 человек были гражданскими лицами (US Army activity…, 1977).
В мае 1944 г. Стимсон и Макнатт предложили Рузвельту упразднить ВИС и назначить Мерка консультантом Стимсона. Президент с готовностью одобрил это прец-ожение, и последовавшие затем изменения еще больше отдалили его от секретной программы по разработке БО. Благодаря усилиям Стимсона, химическая служба последовательно расширяла свои технические возможности в разработке, испытании и производстве БО. Кроме лабораторий в Форт-Детрике и относящейся к нему территории площадью в 220 га, к январю 1944 г. была введена в действие испытательная станция на острове Хорн в Паскагуле (шт. Миссисипи), где был построен полигон площадью 882 га для полевых испытаний. Вблизи испытательного полигона Дагуэй (шт. Юта) химической службе была выделена территория площадью 70,6 тыс. га для бомбардировочных испытаний. Эта станция, Грэнит Пик Инстелейшн, была введена в действие в июне 1944 г. и после этого использовалась для проведения всех основных полевых испытаний патогенных микроорганизмов. В мае 1944 г завод в Терр От штат Индиана, был переоборудован для производства биологических агентов и агентных имитаторов.
В июне 1944 г. решено форсировать проводившиеся исследования по программе БО. Согласно решению президента, ответственность за выполнение программы БО была возложена на военное министерство. По распоряжению военного министра на химическую службу была возложена ответственность за исследования агентов биологической воины, за сбор разведывательных данных по БО и за противобиологическую защиту. Начальник медицинской службы армии получил приказ координировать свою деятельность по вопросам защиты от БО с химической службой. Работы по программе продолжались совместно со специалистами ВМФ и представителями других федеральных министерств. Осуществление программы НИОКР по БО значительно ускорилось в связи с введением в строй научно-исследовательских центров для полигонных испытаний и завода для производства БО. Когда военное министерство взяло на себя ответственность за осуществление всей программы БО, военный министр Стимсон назначил Мерка специальным консультантом по вопросам БО. В октябре 1944 г. был создан консультативный орган — Комитет США по вопросам биологической войны во главе с Мерком, в него вошли представители и других военных служб. Комитет консультировал военного министра и председателя Комитета начальников штабов в области БО, а также поддерживал связи с Межведомственным подкомитетом по БО Соединенного Королевства. Комитет США по вопросам биологической войны существовал до октября 1945 г., когда его функции были переданы Управлению исследований и разработок военного ведомства (US Army activity…, 1977).