В конце 1917 года он утратил все чины, ордена и был демобилизован, но уже в феврале 1918 года вернулся на военную службу, на сей раз в РККА. Надо думать, не из-за того, что полностью разделял взгляды большевиков. Однако ему близка была их антибританская позиция, как близка она была многим русским патриотам. Любопытен в связи с этим эпизод из романа «От двуглавого орла к красному знамени» казачьего атамана Петра Краснова. Главного героя полковника Саблина в разгар первой мировой войны спрашивают: «Скажите откровенно, полковник, кого вы считаете нашим подлинным врагом?» И тот однозначно отвечает на это: «Англию!» хотя эта убежденность не мешает ему честно и мужественно воевать именно за английские интересы против Германии, следуя долгу верности Императору. Не в этом ли один из ответов на вопрос, почему русское офицерство в общем-то отказалось пойти за вождями белого движения, оказавшимися в одном стане с главным врагом России — Англией?
В мае Снесарев стал командующим Северо-Кавказского военного округа, отражал наступление Деникина на Кубань и Краснова на Царицын. После ссоры со Сталиным был перемещен на должность командующего Западной армией. Здесь он организовал стратегическую разведку в Европе, а после денонсации Брестского мира руководил до марта 1919 г боевыми действиями в Белоруссии и Прибалтике. Затем с Андреем Евгеньевичем произошла таинственная история. Он исчез и появился только в октябре 1919 года.
Документов о деятельности Снесарева не осталось, но с большой долей вероятности, современный исследователь геополитики полковник Евгений Морозов утверждает, что