На рассвете 5 сентября выяснилось, что противник отступил еще на несколько миль к западу от восточного минного поля, то есть к Химеймату. Облачность помешала Королевским военновоздушным силам выяснить что-нибудь еще. В вечернем донесении Роммель говорит об отмене плана возвращения на исходные позиции и высказывает намерение остановиться на линии британских минных полей, оставив в резерве африканский корпус с посылкой двух боевых групп на поддержку 21-го корпуса.
Хотя Монтгомери оставил попытки заткнуть брешь с севера, он все еще думал, что Роммель будет отступать дальше, и армию охватило расслабленное состояние. Патрули Рентона донесли утром, что противник движется на запад от минных полей, прикрывшись сильным арьергардом из 70 танков и противотанковых орудий; колонну из 1000 машин видели с воздуха пилоты ВВС между Химейматом и Калахом. На заходе солнца стрелки Босвайла были в районе Рагиля, а 4/8-й гусарский полк, который пытался обойти южный фланг, был остановлен танками противника в 3 милях восточнее Химеймата. В течение дня бронеавтомобили 11-го гусарского полка снова прошли вдоль северного края впадины Каттара к подножию прохода у Наиб-абу-Двейса, который был все еще занят противником. Все это придало оптимизм приказу Монтгомери, который он издал в тот вечер. «Битва при Аламейне продолжается уже шесть дней, и противник медленно, но верно покидает район наступления 8-й армии. Сегодня вечером 5 сентября его арьергард прошел к северу от Химеймата через минное поле». Далее командующий поздравил всех подчиненных с дорого доставшейся победой над врагом, которая будет иметь далеко идущие последствия.
В тот же вечер Монтгомери отдал Хорроксу приказ восстановить исходные позиции и занять господствующее положение над местностью как можно дальше к западу до Гебель-Калаха и Эль-Таки. Выполнение этой задачи было возложено на Рентона.
Этой ночью бомбежек не было, и войска Роммеля без потерь добрались почти до намеченных позиций. 15-я танковая дивизия проделала весь путь обратно до Калаха, а 21-я танковая дивизия остановилась западнее минных полей, оставив танковый гренадерский батальон и противотанковый батальон с ротой танков и артиллерийской батареей восточнее второго минного поля.
Битва закончилась, это понимали оба – и Роммель, и Монтгомери. Первый в следующую же ночь отправил в О KB пространный рапорт, в котором подчеркнул мощь огня британской артиллерии, но указал, что ему всегда удавалось отражать атаки британцев с помощью танков и разведывательных подразделений. Он сообщил, что за время боев его войска уничтожили 124 танка и бронированные разведывательные машины, причем это утверждение можно считать верным, если включить в потери броневики, что Роммель и сделал. Он также утверждал, что уничтожены 1000 автомобилей, 10 полевых пушек, 22 противотанковых орудия и взято 400 пленных. Германские потери он оценил в 369 убитых, 1163 раненых и 272 пропавших без вести. Итальянцы потеряли 167 человек убитыми, 587 ранеными и 297 пропавшими без вести. Войска стран Оси потеряли 36 германских и 11 итальянских танков и разведывательных бронемашин, 11 германских и 6 итальянских орудий, 20 германских и 16 итальянских противотанковых орудий. В эти данные не включены поврежденные и отремонтированные единицы техники, которых, если говорить о немецких танках, было 76.
Роммель утверждал, что большая часть потерь обусловлена продолжающимися воздушными налетами и высоким расходом боеприпасов британской артиллерией. В ставших уже привычными жалобах на положение с горючим Роммель говорит, что при имеющемся темпе его расхода запасов бензина хватит на восемь дней. Четырнадцать дней боев исчерпают запас боеприпасов, а еды и амуниции ему хватит на двадцать три дня. Он просил перебросить из Греции 22-ю немецкую пехотную дивизию с транспортом и необходимыми припасами.
Монтгомери понял, что Роммель не собирается отступать дальше, и в семь часов утра 7 сентября он решил прекратить дальнейшие попытки вытеснить Роммеля дальше на запад. Как он выразился по этому поводу, «под влиянием определенных преимуществ, которые имеет сдерживание противника на юге».
К концу сражения танковые силы 8-й армии понесли незначительные потери. 31 августа в ее составе было 945 танков, из которых 772 воевали в составе передовых подразделений, в том числе 197 «крусейдеров», 169 «стюартов», 164 «гранта» и 163 «Валентина». 8 сентября в 8-й армии осталось 896 танков, в том числе на переднем крае 674 танка. Армия сохранила также около 400 бронеавтомобилей.