Царь после смерти старшего сына навсегда уехал из Александровской слободы в Москву. Он взял с собой дорогого ему Федора Крестьянина и назначил его настоятелем Благовещенского собора Кремля.
Александровская слобода после отъезда царя запустела. Свято-Троицкий храм лишился практически всех прихожан. Иллиодор приехал в Москву, нашел там Авдотью и поведал, что ищет место. Она переговорила с купцом Кононом Полесским и тот, будучи ктитором Ильинского храма, пристроил Иллиодора на недавно освободившееся в нем место настоятеля.
В 1584 г. умер царь Иван Васильевич. Роль в его кончине английского лекаря Якоба Роберта не ясна, однако по истечению четырехсот лет был проведен анализ царских остатков и в них нашли неимоверное количество белого мышьяка и ртути.
После смерти Ивана Васильевича престол перешел к его сыну Федору. Ирина стала царицей, а Борис Годунов – наставником при молодом и не опытном в делах государственного правления Федоре Ивановиче.
Позиции Авдотьи при дворе после этого сильно укрепились. Она стала принимать участие в решении важных государственных проблем.
В 1588 г. в Москву за милостыней приехал Константинопольский патриарх Иеремия II – жизнь православных иерархов при турецких султанах была бедной, и они искали материальной поддержки по всей Европе. Вместе с ним прибыл старый знакомый Иллиодора, теперь уже архиепископ Элассонский, Арсений. Старые друзья как-то встретились на службе в Богоявленском соборе.
На этой же службе оказался и Борис Годунов.
Узнав о знакомстве Иллиодора с Арсением, царский наставник попросил бывшего афонского монаха уговорить патриарха помочь учредить автокефальную Московскую Патриархию. При активном содействии Арсения это удалось, и в начале 1589 г. Иеремия II рукоположил русского митрополита Иова Патриархом Московским и всея Руси.
Мало кто знал, но свела всех заинтересованных лиц вместе в Богоявленском соборе именно Авдотья.
Однако больше всего молодая ведунья влияла на жизнь русского народа через свою подругу – царицу Ирину Годунову.
По совету Авдотьи, в Кремле устраивают висячие сады на берегу Москва реки, по примеру садов Семирамиды. В Конюшие палаты проводят водопровод, доставляющий саду и всему дворцу воду.
По образцу описанных в Хронографе дворцов в Кремле строят Золотую Царицыну палату.
Вот как описывал эту палату, посетивший ее архиепископ Арсений: «Стены и своды палаты были покрыты чистым золотом и удивительным образом отражали произносимые звуки. На стенах были изображены растительные узоры, деревья, виноградные кисти, а также разные птицы. Посреди свода находился лев, державший в зубах змею, с середины которой спускалось множество подсвечников, украшенных драгоценными камнями и жемчугом и искусно сплетённых наподобие корзин».
Арсений особо отмечает восхитившие его многочисленные мозаики с изображением событий и лиц священной истории. Все эти изображения были покрыты изящными окладами, венцами и украшены драгоценными камнями.
Авдотья, наученная Дмитрием Ивановичем в отрочестве грамоте и обретшая интерес к чтению книг, щедро делилась полученными знаниями с окружающими и любила собирать у себя дома умных людей.
Один раз в гости к ней зашел старый знакомый отчима Федор Илларионович Потемкин, приехавший из Смоленска похлопотать о строительстве каменной стены вокруг города.
На это же время Авдотья пригласила к себе Федора Савельевича Коня, с которым она познакомилась через отца Иллиодора еще в гуляй-городе. Знаменитый уже зодчий сказал, что он исполняет моральный долг перед игуменом Болдинского монастыря Дормидондом, который приютил его в детстве. Он заканчивает сейчас строительство каменной Троицкой церкви с колокольней и каменных стен вокруг монастыря.
Зодчий пообещал Потемкину возвести и вокруг Смоленска каменные стены и башни, если тот добьется решения правительства о выделении средств на строительство.
Авдотья, при случае, пересказала этот разговор Борису Федоровичу Годунову. Тот ничего не ответил, поскольку не хотел признаваться себе в том, что пользуется идеями, которые ему подсказывает молодая женщина.
Однако через два года правительство издало распоряжение о начале строительства каменной стены вокруг Смоленска. Конь к этому времени как раз закончил работы в Болдинском монастыре и взялся за выполнение правительственного заказа.
Крепостные сооружения Смоленска проектировали и строили семь лет. Стена вышла протяженностью почти в пять верст, с трехуровневой системой боя, ее охраняли 38 башен. В системе обороны было множество подземных ходов, в том числе и тот, который Авдотья запомнила еще с детства, когда бежала через него с матерью и теткой из города от ногайской угрозы.
Авдотья проводила вместе с царицей Ириной много времени. Однажды она предсказала царице, что против нее готовится заговор и руководит им боярин Василий Иванович Шуйский. Поводом к организации заговора послужило то, что царица никак не могла родить наследника.