В Закавказье располагались войска Закавказского фронта (командующий фронтом до 30 декабря 1941 г. генерал-лейтенант Д. Т. Козлов, член Военного совета дивизионный комиссар Ф. А. Шаманин, начальник штаба генерал-майор Ф. И. Толбухин). На войска Закавказского фронта возлагалась оборона южной части Черноморского побережья. Основные же силы фронта были сосредоточены на советско-турецкой границе ввиду явно прогерманской политики турецкого правительства. Кроме того, часть сил фронта 25 августа 1941 г. была введена в Иран в соответствии с советско-иранским договором. Поэтому Ставка Верховного Главнокомандования не имела возможности в первый период войны полностью использовать войска Закавказского фронта для укрепления обороны Кавказа с севера. Серьезное внимание Советское правительство уделяло в тот период усилению военно-морских сил на Черном и Каспийском морях. К началу войны на Черном море Советский Союз имел военный флот, значительно превосходивший все вместе взятые военно-морские силы причерноморских государств. Он был в состоянии вести успешную борьбу не только с ними, но и с кораблями немецкого и итальянского флотов, появление которых на Черном море считалось весьма вероятным. На Кавказе были расположены силы Новороссийской и Батумской военно-морских баз. Через месяц после начала войны была сформирована Потийская военно-морская база (командир генерал-майор М. Ф. Куманин, военком полковой комиссар В. И. Орлов, начальник штаба капитан 3 ранга А. В. Свердлов). Она включала 2 дивизиона подводных лодок, дивизион торпедных катеров (12 катеров), дивизион сторожевых катеров (23 катера), 2 базовых тральщика, силы охраны водного района, 4 батареи береговой обороны, 6 зенитных батарей. В портах Поти и Батуми базировались 2 эскадренных миноносца, а с октября 1941 г. в связи с потерей западных баз и другие корабли эскадры Черноморского флота{21}.
Во взаимодействии с войсками Закавказского военного округа части Потийской военно-морской базы обороняли побережье Черного моря от государственной границы с Турцией до Адлера. Новороссийская военно-морская база (командир капитан 1 ранга А. П. Александров, военком полковой комиссар И. Г. Бороденко, начальник штаба капитан 1 ранга Г. Н. Холостяков) в начале войны включала с учетом вновь сформированных по мобилизации частей: дивизион сторожевых кораблей (4 корабля), дивизион тральщиков (21 тральщик), 2 дивизиона торпедных катеров (21 катер), 3 дивизиона сторожевых катеров (33 катера), учебный дивизион подводных лодок (7 лодок), части охраны водного района, 11 стационарных и железнодорожных батарей береговой и 8 батарей зенитной артиллерии, запасный полк береговой обороны, бригаду морской пехоты, стрелковый батальон и другие небольшие стрелковые части. На Новороссийск в это время базировалась также значительная группа кораблей эскадры и других соединений Черноморского флота: 2 крейсера, 3 эскадренных миноносца и 29 тральщиков{22}.
Силы Новороссийской военно-морской базы, в состав которой тогда входил также Керченский укрепленный сектор береговой обороны, во взаимодействии с войсками Северо-Кавказского военного округа обороняли Кавказское побережье от Адлера до Керченского пролива включительно. Для укрепления обороны Азовского побережья приказом Народного комиссара ВМФ от 23 июля 1941 г. началось формирование в составе Черноморского флота Азовской военной флотилии (командующий капитан 1 ранга А. П. Александров, военный комиссар бригадный комиссар А. Д. Рощин, начальник штаба капитан 2 ранга И. А. Фроликов). 15 августа из Керчи в Мариуполь прибыли корабли новой флотилии: 3 канонерские лодки, 5 сторожевых кораблей и 7 катеров-тральщиков. Спустя три недели в состав флотилии вошла истребительная авиаэскадрилья (9 самолетов), а еще через месяц был сформирован отдельный Донской отряд кораблей (4 речные канонерские лодки и 8 сторожевых катеров){23}.