В это время в северной части Таманского полуострова войска 9-й армии, овладев Курчанской, вели наступление вдоль Курчанского лимана на Темрюк. Расположенный в самом устье реки Кубани, Темрюк являлся крупным узлом сопротивления противника и замыкал левый фланг Голубой линии. Этот узел обороны должен был прикрывать таманскую группировку врага со стороны Азовского моря. Кроме того, Темрюк был ключом коммуникаций, связывавших морем Таманский полуостров с Керченским. Вот почему противник придавал большое значение обороне этого пункта. Подступы к Темрюку с востока и юга были почти сплошь прикрыты лиманами и плавнями. Но и эти естественные препятствия противник усилил минными полями, проволочными заграждениями, а в камышах укрыл большое количество огневых точек. Местность не позволяла действовать большим войсковым соединениям с использованием тяжелой техники и оружия. Поэтому боевые действия велись здесь небольшими группами. Были созданы специальные отряды. Каждый отряд получал самостоятельные задачи. Эта тактика требовала от бойцов большой физической выносливости и инициативы. Противник охранял все водные тропы. Надо было ввести врага в заблуждение, остаться самому незамеченным и внезапно атаковать. Так и действовали советские воины. К 26 сентября войска 9-й армии полностью овладели пространством между низовьем Кубани и Курчанским лиманом и подошли к Темрюку.
Корабли и авиация Азовской флотилии наносили систематические удары по судам и обороне противника, нарушая вражеские морские коммуникации. Авиация Черноморского флота бомбила конвои врага в северо-западной части Азовского моря. В это время по указанию командующего фронтом Азовская флотилия (командующий контр-адмирал С. Г. Горшков) готовила тактический десант. Высадка десанта предусматривалась одновременно в трех пунктах: основной - в районе восточнее Голубицкой, вспомогательный - в районе Чайкино и демонстративный - восточное Чайкино. Управление высадкой производилось с командного пункта Приморско-Ахтарская. В основной десант выделялся 545-й стрелковый полк 389-й стрелковой дивизии численностью 1420 человек. Вспомогательный десант состоял из 220 человек 369-го отдельного батальона морской пехоты. Для высадки десанта были организованы три отряда высадки в составе 2 сторожевых катеров, 9 бронекатеров, 10 катеров-тральщиков, 6 полуглиссеров, 2 торпедных катеров и 15 сейнеров. С воздуха десант поддерживался истребительной авиацией 4-й воздушной армии и 20 самолетами Ил-2 из состава Азовской военной флотилии. Основной десант выполнял задачу дезорганизации обороны противника и воспрещение его отхода из Темрюка к Керченскому проливу. Вспомогательный десант должен был нарушить вражескую оборону на косе Перекопская, в порту и на восточной окраине Темрюка. Командовал десантом подполковник А. Е. Попович. На отряд прикрытия возлагалось обеспечение высадки десанта от атак вражеских кораблей с запада - торпедными катерами, вооруженными реактивными артиллерийскими установками, и с востока - бронекатерами. Кроме того, Азовская флотилия должна была действиями кораблей и авиации пресечь попытки противника эвакуировать войска и технику из района Чайкино и порта Темрюк.