Оборона с моря и суши восточного побережья Азовского моря от района южнее Кагалъника до Темрюка, как известно, в конце июля была возложена на Азовскую флотилию в связи с тем, что оборонявший этот участок фронта 17-й Кубанский казачий кавалерийский корпус перебрасывался с прибрежной полосы на рубеж рек Ея и Куго-Ея. Сил для отражения наступления сухопутных частей врага у флотилии было слишком мало - всего три батальона морской пехоты, пулеметная и пулеметно-минометная роты. Они опирались на укрепления, созданные на побережье, и могли рассчитывать на поддержку 2-3 канлодок (остальные корабли Азовской флотилии были заняты обеспечением эвакуации баз и вывода судов с Азовского в Черное море) и 56 орудий береговой артиллерии. Однако огневые позиции стационарных береговых батарей, как и инженерные оборонительные сооружения на побережье, были построены фронтом на запад, т. е. с расчетом отражения ударов противника с моря. Создание обороны приазовских городов и опорных пунктов с суши не было завершено, и она усиливалась уже в ходе оборонительного сражения. Тем не менее, Азовская флотилия выполнила поставленную задачу. Почти целый месяц морская пехота при активной поддержке морской артиллерии обороняла восточное побережье Азовского моря. Героически сражались с врагом батарея No 661 и сводный батальон морской пехоты, оборонявшие павло-очаковский узел сопротивления Ейской военно-морской базы. Четыре дня, будучи в окружении, при поддержке двух бронекатеров и дивизиона сторожевых катеров они сдерживали наступление врага. Расстреляв весь боезапас, батарейцы взорвали орудия и на катерах ушли в Глафировку. Остатки сводного батальона сухопутными дорогами вышли из окружения и затем приняли участие в обороне Ейска.
Командование немецкой группы армий "А" придавало большое значение захвату этого города, указывая на необходимость занятия Ейска, как основного порта, который немецкое командование планировало использовать как важнейшую базу снабжения своих войск. Оно выделило для наступления на Ейск 5-ю кавалерийскую румынскую дивизию и немецкий полк СС. По разработанному штабом флотилии плану вокруг Ейской военно-морской базы (командир контр-адмирал С. Ф. Белоусов, военком батальонный комиссар В. П. Королев, начальник штаба капитан 2 ранга Ф. Ф. Павлов) были оборудованы два оборонительных рубежа. Их позиции заняли 144-й и 305-й батальоны морской пехоты. Три батареи береговой обороны 152-, 122- и 76-мм калибра 40-го артиллерийского дивизиона и семь 45-мм орудий, дополнительно установленных на внутреннем рубеже, должны были обеспечить боевую устойчивость обороны Ейска. 5 августа, когда вражеские части перешли в наступление на Ейск, Военный совет Северо-Кавказского фронта приказал в связи с отводом Приморской группы войск к р. Кубань эвакуировать военно-морские базы Ейск и Приморско-Ахтарскую (главная база флотилии), взорвав и заминировав все военные объекты и портовые сооружения. Сухопутные и другие части Азовской флотилии должны были отойти в Темрюк "для организации обороны фланга фронта и таманского берега"{57}.
В этот день 40-й подвижной артиллерийский дивизион под прикрытием двух рот морской пехоты начал отход на Темрюк. Таким образом, на оборонительных рубежах Ейска осталось совсем мало стрелковых войск, и они лишились огневой поддержки береговых батарей. Тем не менее, благодаря беспредельной отваге моряков и эффективной поддержке корабельной артиллерии, 144-му батальону морской пехоты и оставшейся роте 305-го батальона удалось в течение нескольких дней сдерживать натиск многократно превосходившего противника. 9 августа, прикрывая уход из Ейска основных сил военно-морской базы, морские пехотинцы после сильной артиллерийской подготовки, осуществленной канлодками, стремительно атаковали неприятельские части и вынудили их поспешно отступить с занимаемых позиций. Приморско-Ахтарскую Азовская флотилия удерживала до прихода сюда всех сил из Ейска. 10 августа она эвакуировала морским путем свою главную базу, предварительно взорвав, как и в Ейске, все военные объекты и заградив проход в порт. Корабли и суда доставили в Темрюк более 4 тыс. воинов, 30 орудий береговой обороны и другую технику, а также 1670 тонн разных грузов{58}.