Летом 1903 года Николай II повелел министру финансов С.Ю. Витте представить всеподданнейший доклад, составленный в соответствии с его непосредственными указаниями, относительно прав гражданских по отправлению духовных треб старообрядцев, поселяющихся на территории Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД). Министр финансов составил такой доклад под названием «О правах гражданских и по отправлению духовных треб старообрядцев и принадлежащих к коренному населению последователей вероучений, различествующих от православной веры, при поселении в Маньчжурии». На подлинном докладе министр финансов написал: «Высочайшее соизволение последовало 20 июня 1903 года. Петергоф». В докладе говорилось, что 23 мая 1903 года император утвердил правила о водворении русских подданных на участках земли, принадлежащих обществу КВЖД в Маньчжурии, в том числе старообрядцам и русским последователям вероучений, различествующих от православной веры, за исключением сект скопческой и хлыстовской. Далее утверждалось, что государь указал на необходимость обеспечить на будущее время в пределах Маньчжурии свободу исповедания остальных вероучений от каких-либо ограничительных мер, применяемых к ним в империи.
Этому докладу предшествовала переписка, которую вел министр финансов С.Ю. Витте в разное время с министрами внутренних дел Д.С. Сипягиным и В.К. Плеве, а также с наместником императора на Дальнем Востоке Е.И. Алексеевым по вопросу о переселении в полосу отчуждения строящейся Китайско-Восточной железной дороги старообрядцев с целью создания там постоянного русского населения.
Местная администрация была заинтересована в широком привлечении старообрядцев на Дальний Восток, отмечая, что «старообрядчество по известному своему трудолюбию, охоте к земледелию, воздержанной жизни дает более широкие надежды на прочное заселение края».
Несмотря на неблагоприятные признаки, Витте продолжал отстаивать свою линию. В октябре он выступил против уловок военного ведомства, за точное исполнение принятых обязательств о выводе войск из Маньчжурии. В декабре министр финансов принял участие в обмене мнениями по вопросу о возможности соглашения с Японией. Посланник в Токио Р.Р. Розен в специальной записке доказывал бесполезность подобного соглашения и предлагал ускоренно готовиться к войне в целях утверждения в Маньчжурии и Корее.
Между тем тучи на дальневосточном горизонте быстро сгущались. Соглашение 1902 года предусматривало вывод русских войск из Маньчжурии в три этапа. Первый из них – очищение юго-западной части Мукденской провинции – был осуществлен в срок. К 26 марта 1903 года предстояло вывести войска из остальной части Мукденской и из Гиринской провинций.
В это время в правящих кругах России стало складываться мнение, что простое выполнение обязательства будет иметь следствием утрату русского влияния в Маньчжурии. Отдельные политики и капиталисты предлагали не только не очищать Маньчжурию, но закрепиться в ней, особенно в южной ее части. Военное министерство, в свою очередь, также хотело утвердиться в северной части Маньчжурии, и считало нужным обусловить второй этап вывода войск предварительными гарантиями. В их числе были требования о сохранении за собой нескольких населенных пунктов по правому берегу Амура с окрестной трехверстной полосой, прекращении заселения китайцами Северной Маньчжурии и особенно местностей, соседствующих с КВЖД, и др.
11 января 1903 года состоялось предварительное совещание в МИД, в котором участвовали Ламсдорф, товарищ министра В.С. Оболенский, директор первого департамента Н.Г. Гартвиг, а также дипломатические представители России в дальневосточных странах Р.Р. Розен, П.М. Лессар и А.И. Павлов.
Совещание рекомендовало освободить Маньчжурию в установленные сроки, но с предъявлением требований о дополнительных гарантиях, то есть пошло на уступки становившейся теперь «средней» линии ведомства Куропаткина. Правда, сами условия были несколько смягчены по сравнению с пожеланиями Военного министерства. Предполагалось разделить выдвижение гарантий на две очереди. На втором этапе эвакуации предусматривалось потребовать сохранения существующего административного строя в Монголии, неотчуждаемости освобождаемых русскими войсками земель и устранения в пограничных с Россией областях Китая влияния иностранцев. Перед наступлением же срока эвакуации Цицикарской провинции (26 сентября 1903 г.) – выставить дополнительные условия в целях обеспечения безопасности плавания по Амуру и воспрещения китайцам заселять местность вдоль КВЖД. Проект такой инструкции поручили разработать Лессару.
Совещание признало возможным, если обстоятельства потребуют, заключить новое соглашение с Японией по корейскому вопросу, которое должно явиться продолжением и развитием существующих договоров и базироваться на принципе целостности и неприкосновенности соседней империи.
Победили противники С.Ю. Вите. 6 мая 1903 года царь сделал Безобразова статс-секретарем, а другого его сторонника – военного агента в Китае К.И. Вогака – генералом свиты.