В результате сражения при реке Минато, армия роялистов перестала существовать как реальная боевая единица. Годайго, лишенный военной поддержки, был вновь принужден бежать на гору Хиэй, где ему предоставили убежище лояльно настроенные монахи. Такаудзи — триумфальный завоеватель — вновь занял столицу и посадил на трон пятнадцатилетнего Комё, представителя Старшей Линии. Под руководством Такаудзи новый марионеточный двор срочно отменил все, принятое за последние три года. Несколько месяцев спустя Годайго спустился из своего горного убежища и передал регалии преемнику — императору Комё. Реставрация Кэмму потерпела полный провал.
У Годайго было много слабостей, однако покорного принятия превратностей судьбы среди них не числилось. Всего лишь через пару месяцев после своего возвращения он внезапно бежал из столицы, провозгласив, что передача регалий была недействительной. Его конечным пунктом было Ёсино, прекрасный гористый район приблизительно в шестидесяти милях к югу, широко известный великолепием цветущих вишен. Здесь он основал альтернативный «южный» центр, положив таким образом начало периоду Северного и Южного Дворов, продолжавшемуся полвека и отмеченному почти непрерывными военными действиями и полным беспорядком в стране.
В 1338 году «северный» император Комё даровал Такаудзи столь желанный им титул сёгуна. Это стало официальным моментом начала правления Бакуфу Асикага — новой династии военных правителей, готовых из своей ставки в Киото руководить страной от имени сменяющих друг друга императоров в соответствии с общим правилом, установленным режимом Камакура.[323]
Вскоре после этого, окруженный своими придворными и сжимая в руках императорский меч, в Ёсино умер Годайго. Передают, что его последними словами было выражение сожаления о покинутой северной столице и завет своим последователям продолжать упорную борьбу.[324]
В 1347 году Масацура повел на Асикага отряд партизан-роялистов, все еще считая его предателем истинного (то есть «южного») императора. После некоторых начальных успехов, он со своими людьми был сокрушен войсками Бакуфу. Масацура, которому, как считается, было в момент смерти двадцать два года, закончил свою героическую жизнь, совершив харакири; более трех десятков воинов последовали его примеру, совершив массовое самоубийство.[325] Другие сторонники Масасигэ продолжали нападать на «узурпаторов» Асикага, но дело их была обречено, и все они были уничтожены.[326]В 1358 году, находясь в зените успеха, в своей ставке умер Такаудзи, и новым сёгуном, как и следовало ожидать, стал его сын. Борьба двух дворов продолжалась, однако роялисты из Ёсино были сильно ослаблены длительными боевыми действиями и не могли уже обеспечить себе достаточного количества бойцов из воинского сословия. Их закат был медленным, но верным, и к 1383 году они практически прекратили сопротивление.
Споры о престолонаследии закончились в 1392 году. К этому времен сёгунат Асикага стабилизировался и смог распространить свое влияние почти на всю территорию страны. Новый сёгун (внук Такаудзи) убедил правящего в то время «южного» императора вернуться из Ёсино в Киото где тот передал свои регалии и отрекся в пользу «северной» линии. Предполагалось, что в будущем императоры двух линий будут занимать трон поочередно, однако, вполне вероятно, что Асикага никогда не собирались следовать этой договоренности, и в действительности наследование перешло полностью к «северной» линии, к которой принадлежит и нынешний император Хирохито.[327]
Так, после многих десятилетий борьбы и жертв, дело роялистов окончилось полным крахом. Попытка Годайго восстановить императорские прерогативы увенчалась полной неудачей, и ни один из последующих императоров Японии никогда не обладал той реальной властью, которой он столь желал.[328] Идея того, что император должен одновременно и царствовать, и править, оказалась химерой воображения, и на протяжении последующих пяти веков власть оставалась полностью в руках у военных.