Воодушевленная верой и страстью к мученичеству, христианская община несла свой крест с невероятным терпением, не оказывая даже малейших попыток силового сопротивления. Остров Кюсю — центр японского христианства — стал местом самых жестоких преследований. Чтобы выведать сведения у плененных христиан или добиться их отречения были использованы почти все мыслимые виды пыток и унижения достоинства, которые могли произвести человеческая жестокость и изобретательность. В перечень стандартных методов Главного Управляющего Нагасаки, входило: пытка водой, помещение в яму со змеями, клеймление лица, перепиливание бамбуковой пилой, пытка деревянным конем (при которой к ногам посаженной на него жертве привязывался тяжелый груз), зажаривание живьем и (одна из немногих статей импорта с Запада, с энтузиазмом воспринятая властями) распинание.
В русле дальнейших усилий предотвратить иноземное вмешательство, Бакуфу Токугава издало серию эдиктов, согласно которым большинство иностранцев высылалось из Японии, а всем японцам запрещалось покидать страну под страхом смерти или, в случае, если они ее уже покинули, возвращаться обратно. Первым из таких указов был эдикт из семнадцати статей, изданный в 1633 году; еще более жесткие правила были установлены в 1635 и 1636 годах; как последствие восстания в Симабара, заключительный эдикт 1639 года запрещал португальским судам заходить в японские порты. Эти установления более чем на два столетия положили конец внешней торговле и туризму и полностью лишили оставшихся в Японии христиан внешних контактов и поддержки.
Повелитель Мацукура, ставший властителем полуострова Симабара после окончательной победы Токугава в 1615 году, в отношении к своим подданным был сперва обманчиво мягок, однако вскоре он перешел к жестким методам и, после десятилетнего правления, обрел сомнительную репутацию одного из двух самых преуспевших гонителей в Японии. Он был известен, как изобретатель самых изощренных мучений заключенных-христиан. Знаменитым местом пыток были горячие источники Ундзэн (упоминаемые в «Песни Амакуса Сиро») в центральной гористой части Симабара. В Ундзэн, ставшим теперь популярным курортом для туристов, жертв, отказывавшихся отречься, медленно сваривали до смерти в кипящих серных водах на глазах у охваченных ужасом членов их семей и деревенских соседей.
На островах Амакуса в нескольких милях к югу, по указанию Бакуфу Токугава правление было передано от бывшего даймё-христианина роду Тэрадзава. Множество беженцев, среди которых было много «ронинов», бежали от гонений в Нагасаки и других частях острова Кюсю, перебираясь на эти острова, где они вливались в христианские фермерских и рыболовные общины. Однако, как оказалось, это было неудачное решение. Хотя Повелитель Тэрадзава и мог быть в какое-то время тайным приверженцем учения, он подверг своих подданных-христиан жесточайшим мукам, в частности сожжению; его сын, пришедший к власти в 1633 году, с энтузиазмом продолжил его дело. К 1637 году политика официального террора и репрессий принесла полный успех: большинство верующих в регионе публично отреклось от Христа, поправ ногами святое изображение
Серия инцидентов 1636 и 1637 годов позволяют судить об отчаянном положении местных христиан. В конце 1637 года набожный крестьянин из деревни на Южном Арима, на самой оконечности полуострова, достал старое изображение Господа, которое он хранил в сундуке из боязни, что его кто-нибудь найдет и сообщит об этом властям. С изумлением и радостью он обнаружил, что, пока картина лежала в сундуке, на ней появился оклад. Чудо! Он немедленно сообщил об этом своим единомышленникам, в том числе старшему брату, который был деревенским старостой, и несколько дней спустя все они втайне собрались в его доме, чтобы поклониться картине и восславить Бога. Однако, новость об этой встрече просочилась наружу, и несколько полицейских поспешили в маленькой лодке из ближайшего отделения в Симабара. Они ворвались в дом как раз в тот момент, когда шла тайная литургия, и арестовали шестнадцать участников, включая обоих братьев. Арестованные были связаны и отосланы в Симабара, где их должным образом казнили в назидание другим.[358]
На следующий день после того, как было объявлено это мрачное известие, жители деревни праздновали Вознесение, бесстрашно вывесив свои белые христианские флаги. Когда управляющий попытался вмешаться, разгневанные участники убили его. Верующие Южного Арима поняли, что теперь их ждут жестокие репрессии и, вместо того, чтобы ждать пока на них опустится меч, спешно объединили силы с единомышленниками по вере из соседних деревень и стали строить планы захвата местных правительственных учреждений. Через несколько дней разразилось восстание.[359]