Царь и его семья были убиты в тот период, когда гражданская война только разгоралась. Она продолжалась еще два года, и неоднократно Советское правительство находилось на волосок от гибели, пока наконец белые армии не были окончательно разгромлены. В этот период "Протоколы сионских мудрецов" впервые были использованы для подстрекательства к убийству. За "Протоколами" стояли все те же люди. С 1910 года "Союз русского народа" формально уже не существовал как единая организация, но его прежние руководители подвизались теперь в различных белых армиях, образовывали новые политические группировки типа "Союз русских национальных комитетов" или "Русская дума" и в основном активно пропагандировали погромы. Француз дю Шайла, который в это время находился в рядах белой армии, описал, с каким рвением эти люди распространяли "Протоколы". Присяжный поверенный Измайлов и войсковой старшина Родионов совместно выпустили дешевое издание "Протоколов" в Новочеркасске в 1918г.; эту книгу распространял среди войск Пуришкевич, основатель "Черной сотни", занимавший пост в отделе пропаганды штаба генерала Деникина в Ростове. В Крыму при генерале Врангеле черносотенцы, "субсидируемые правительством, говорили на всех перекрестках о "Протоколах" и жидо-масонском всемирном заговоре"[А.М. дю Шайла. Указ. соч.].
Кроме того, издания "Протоколов" появились в Сибири, одно было напечатано в Омске для армии адмирала Колчака. Сам адмирал был помешан на "Протоколах". Г. К. Джинс, который часто виделся с Колчаком в это время, сообщает, что тот буквально "пожирал" "Протоколы". Голова адмирала "была набита антимасонскими идеями. Он видел масонов повсюду, даже в собственном окружении... и среди членов военных миссий союзников"[Г.К. Джинс. Сибирь, союзники и Колчак. Т. II. Пекин, 1921, с. 39.]. Несколько изданий "Протоколов" появились в Восточной Сибири, во Владивостоке и Хабаровске. Одно издание было выпущено русскими белоэмигрантами даже в Японии.
Значение, которое придавалось "Протоколам", подчеркнуто в предисловии к первому из новых изданий, которое было отпечатано Измайловым и Родионовым в Новочеркасске под названием "Сионские протоколы, план завоевания мирового господства евреями и масонами":
""Протоколы" - это тщательно и детально разработанная программа завоевания всего мира евреями. Большая часть этой программы уже осуществлена, и если мы не одумаемся, то неизбежно будем обречены на уничтожение... "Протоколы" являются, по существу, не только ключом к пониманию нашей первой неудачной революции (1905), но и нашей второй революции (1917), в которой евреи сыграли столь гибельную роль для России... Для нас, свидетелей такого самоуничтожения, для нас, надеющихся увидеть возрождение России, этот документ тем более знаменателен, поскольку он раскрывает те намерения, с помощью которых враги христианства стремятся поработить нас. Только в том случае, если мы разгадаем эти намерения, мы сможем успешно бороться с врагами Христа и христианской цивилизации"[Сионские протоколы (изд. А. Родионова). Новочеркасск, 1918.].
"Протоколы" все-таки были слишком сложны и запутанны для понимания простых солдат, в большинстве своем людей малограмотных. На процессе в Берне в 1934 году Хаим Вейцман вспоминал, как он впервые увидел "Протоколы". Британские офицеры, прикомандированные к белым армиям, привезли с собой в Палестину какой-то документ, состоящий из четырех или пяти машинописных страниц, и объяснили, что такой документ находится у каждого белого офицера. Оказалось, что этот документ содержит выдержки из "Протоколов". Согласно другим источникам, подобный материал широко распространялся среди грамотных бойцов различных белых и украинских армий, которые вслух читали его и разъясняли смысл неграмотным.
В дополнение к "Протоколам сионских мудрецов" появились новые подделки, цель которых была подновить и приспособить их к требованиям момента. Среди наиболее известных вариаций была одна, найденная якобы у некоего командира Красной Армии, еврея по имени Цундер. Экземпляры этого документа, судя по всему, циркулировали уже в мае 1918 года; зимой 1919/20 года, когда белые армии терпели одно поражение за другим, этот документ стал появляться в газетах белых армий, иногда в новых и значительно расширенных вариантах. В нем говорилось:
"Секретно. Представителям всех отделений Международной израильской лиги.
Сыны Израиля! Час нашей окончательной победы близок! Мы находимся на пороге завоевания мира. То, о чем раньше мы только мечтали, становится явью. Еще недавно слабые и бессильные, мы теперь можем благодаря мировой катастрофе высоко и гордо поднять головы.
Но мы, однако, должны проявлять осторожность. Можно с уверенностью предсказать, что, после того как мы промаршируем по рухнувшим и разбитым алтарям и тронам, мы продолжим наш марш по предначертанному пути.