В конце марта на корабле "Тибр", плывущем из Бомбея в Неаполь, Елена Петровна в сопровождении Мэри Флинн, индуса-чела Баваджи и Франца Гартмана возвращается в Европу. Ей больше было не суждено увидеть Индию, страну, для блага которой она столько сделала: и возрождение санскритской литературы, и старания примирить религию с наукой, и пролитие света на потустороннюю судьбу человека, и соединение различных индусских каст в одно братское чувство взаимной симпатии, и верную передачу арийской Мудрости, которая подвергалась таким искажениям со стороны европейцев.
После приезда из Индии в Европу Елене Петровне потребовалось более трех месяцев, чтобы восстановить силы и оправиться от пережитых волнений. Жила она в уединении в маленьком городке Торо-дель-Греко близ Неаполя. Затем по совету Махатмы Кут Хуми Елена Петровна переезжает в Северную Баварию, в Вюрцбург, маленький городок в Германии, неподалеку от Гейдельберга и Нюрнберга. Из Вюрцбурга она писала Синнетту: "Я смогу сделать гораздо больше для нашего движения, оставаясь в тени, чем если снова буду на виду у всех. Дайте мне укрыться в глухих местах и писать, писать, писать — и учить тех, кто хочет учиться. Учитель вернул меня к жизни, так уж позвольте мне жить и умереть относительно спокойно".
Писать текст "Тайной Доктрины" Елена Петровна начала еще на корабле по пути в Европу, затем продолжила в Вюрцбурге. "На эту работу, — как писала Е.Ф. Писарева, — она смотрела как на главное дело своей жизни. Она была уверена, что человечество подошло к нравственному кризису, что все усиливавшийся материализм мог закристаллизовать сознание в такой степени, что возврат к духовности становился бы все труднее и труднее. Нужно было помочь ему, пробить окно в духовный мир, раскрыть перед людьми невидимые для них дали".
Первые месяцы в Вюрцбурге Елена Петровна была вынуждена жить в одиночестве, хотя и очень нуждалась в помощи. Через некоторое время такая помощь пришла в лице Констанс Вахмейстер, вдовы шведского посланника в Лондоне, осенью 1885 года переехавшей к Блаватской в Вюрцбург.
Отчет Общества психических исследований
В декабре 1885 года был опубликован отчет Общества психических исследований, который был составлен Р. Ходжсонон, экспертом Общества, около года занимавшегося расследованием дела Куломбов. В этом отчете, заверенном руководством Ходжсона, Елена Петровна обвинялась в мошенничестве, в поддельности всех необычайных явлений, феноменов, происходивших в Адъяре, в поддельности писем Махатм и, вдобавок ко всему, по тогдашнему русофобскому обычаю англичан, в преследовании интересов российского правительства в Индии, т. е. в шпионаже в пользу России.
Получив этот памфлет, Елена Петровна негодовала, несколько недель не могла продолжать работу над "Тайной Доктриной": "Вот, — восклицала она, — какова карма Теософского общества! Она обрушивается на меня, и я — козел отпущения! Я должна нести на себе грехи Общества, и теперь, когда меня заклеймили величайшей обманщицей, да еще русской шпионкой вдобавок, кто будет слушать меня, кто будет читать "Тайную Доктрину"? Как буду я продолжать дело Учителя? О, проклятые феномены, которые я делала, чтобы удовлетворить друзей и поучать окружающих! Как я вынесу такую страшную карму? Как переживу все это? Если я умру, пострадает дело Учителя и Общество погибнет!"
Между тем, еще в августе 1885 года, Елена Петровна направляет письмо в Россию, где среди прочего говорит:
"1) Хотя совершенно верно, что я горячо люблю мою родину и все русское, а англо-индийскому терроризму не только не сочувствую, но и просто ненавижу его; но не менее верно и следующее: не чувствуя за собою права вмешиваться ни в чьи домашние, тем менее в политические дела, в продолжение моего шестилетнего пребывания в Индии строго следуя "уставам" нашего Теософического Общества, я не только что никогда не выражала перед индусами своих "антипатий", но, любя их и желая им добра от всего сердца, старалась, напротив, помирить их с неизбежным и, утешая, постоянно проповедовала им терпение, прощение и внушала верноподданнические чувства. 2) В благодарность за это, прозорливое англо-индийское правительство узрело во мне, с первого же дня моего приезда в Бомбей "русскую шпионку". Оно не жалело ни трудов, ни денег, чтобы проникнуть ту коварную цель, которая могла заставить меня предпочитать "покорителям" — покоренных, "тварей низшей расы", как первые называют индусов. Оно окружало меня более двух лет почетным конвоем из мусульманских полицейских шпионов, делая мне, одинокой русской женщине, честь страшиться меня, как бы я была целой армией казаков за Гималаями. Только спустя два года и истратив — по сознанию сэра Альфреда Лайеля, более 50 000 рупий на эту бесполезную погоню за моими политическими тайнами, которых никогда и не было, правительство успокоилось. "Мы сыграли в дураков", — говорил мне очень откровенно затем в Симле некий англо-индийский сановник, в чем я с ним учтиво согласилась".